RCy3

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCy3

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见RCy3

访问和控制细胞质的功能

Bioconductor版本:3.7

可视化,分析和探索网络使用Cytoscape通过R。

作者:Alexander Pico, Tanja Muetze, Georgi Kolishovski, Paul Shannon

维护者:Alexander Pico , Tanja Muetze < Tanja。Muetze14在alumni.imperial.ac。Paul Shannon

引文(从R内,输入引用(“RCy3”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RCy3”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RCy3”)

超文本标记语言 R脚本 01.RCy3 ~25 min概述
超文本标记语言 R脚本 02.细胞图和铭文~5分钟
超文本标记语言 R脚本 03.细胞膜和石墨烯~5分钟
超文本标记语言 R脚本 04.导入数据~5分钟
超文本标记语言 R脚本 05.网络功能和可视化~15分钟
超文本标记语言 R脚本 06.癌症网络和数据~40分钟
超文本标记语言 R脚本 07.标识符映射~20分钟
超文本标记语言 R脚本 08.升级现有脚本~15分钟
超文本标记语言 R脚本 09.胞浆和NDEx ~20分钟
超文本标记语言 R脚本 10.组结~15分钟
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GraphAndNetwork网络软件ThirdPartyClient可视化
版本 2.0.88
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(3年)
许可证 MIT +文件许可
取决于 R (>= 3.4)
进口 httr、方法、RJSONIOXML跑龙套,BiocGenericsigraph统计数据,
链接
建议 RUnitRColorBrewerBiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements Cytoscape (>= 3.6.0), CyREST (>= 3.6.0)
增强了
URL https://github.com/cytoscape/RCy3
BugReports https://github.com/cytoscape/RCy3/issues
全靠我
进口我 categoryCompareNCIgraph
建议我 石墨
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RCy3_2.0.88.tar.gz
Windows二进制 RCy3_2.0.88.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) RCy3_2.0.88.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCy3
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RCy3
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RCy3/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网