美国广播公司

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCAS

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅美国广播公司。

以RNA为中心的注释系统

Bioconductor版本:3.7

rca动态基因组注释是一个自动化系统,它提供了自定义输入文件包含转录组的地区。转录组区域,例如,峰值区域检测到CLIP-Seq分析检测protein-RNA交互,RNA的修改(别名epitranscriptome), CAGE-tag地点,或任何其他的目标区域在转录组水平。rca设计为rna结合站点的功能分析的报表工具检测到高通量实验。需要床格式作为输入文件包含基因组RNA结合位点和GTF的坐标文件,其中包含通常提供的基因组注释功能如运用和UCSC的公开可用的数据库。rca执行重叠操作RNA基因组坐标之间的结合位点和基因注释特性和产生深入注释总结等结合位点的分布对基因功能(外显子、内含子5‘/ 3’UTR区域,exon-intron边界,启动子区域,和全记录)。此外,通过探测目标的收集记录,rca可以进行功能注释表丰富基因集(带注释的分子签名数据库)条款。作为一个最重要的问题,在protein-RNA交互分析期间出现;rca模块检测序列图案丰富的转录组的目标区域。完整的交互式报告可以生成HTML格式,其中包含交互数据和表,准备出版的目的。

作者:博拉Uyar (aut (cre) Dilmurat Yusuf (aut),里卡多Wurmus (aut) Altuna Akalin (aut)

维护人员:< Bora Bora Uyar。在mdc-berlin.de uyar >

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HTML	R脚本	荟萃分析多个样品怎么办
HTML	R脚本	介绍——单样本分析
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细节

biocViews	报道,去,GeneSetEnrichment,GeneTarget,GenomeAnnotation,MotifAnnotation,MotifDiscovery,软件,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),情节(> = 4.5.2),DT(> = 0.2),data.table,topGO,motifRG
进口	biomaRt,AnnotationDbi,GenomicRanges,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,GenomeInfoDb(> = 1.12.0),Biostrings,rtracklayer,org.Hs.eg.db,GenomicFeatures,rmarkdown(> = 0.9.5),genomation(> = 1.5.5),knitr(> = 1.12.3),BiocGenerics,S4Vectors统计数据,plotrix,pbapply,RSQLite,代理,DBI,pheatmap,ggplot2,cowplot,ggseqlogo、方法、跑龙套
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,org.Mm.eg.db,org.Ce.eg.db,org.Dm.eg.db,testthat,covr
SystemRequirements	pandoc (> = 1.12.3)
增强了
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包档案

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源包	RCAS_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	RCAS_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	RCAS_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCAS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rca
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCAS/
包下载报告	下载数据