QDNASEQ.

DOI：10.18129 / b9.bioc.qdnaseq.

此套餐适用于Biocumonds 3.7版;对于稳定的最新版本版本，请参阅QDNASEQ.。

用于染色体像差的定量DNA测序

生物导体版本：3.7

染色体畸变的定量DNA测序。将基因组分为非重叠的固定箱，每个计数读数的序列数，用同时序列可用性和GC含量的同时二维黄土校正调整，并过滤以除去基因组中的杂散区域。分割和调用的下游步骤也通过包DNACopy和CGHCALL实施。

作者：Ilari Scheinin [Aut]，Daoud Sie [Aut，Cre]，Henrik Bengtsson [AUT]

维护者：Daoud Sie

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PDF.	r script.	QDNASEQ介绍
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文本		消息

细节

Biocviews.	复印机那dnaseq.那遗传学那GenomeanNotation.那预处理那QualityControl.那测序那软件
版本	1.16.0
在生物导体中以来	BIOC 2.14（R-3.1）（4.5岁）
执照	GPL.
依靠	r（> = 3.1.0）
进口	图形，方法，统计数据，Util，BioBase.（> = 2.18.0），CGHBase.（> = 1.18.0），CGHCALL.（> = 2.18.0），dnacopy.（> = 1.32.0），Genomicranges.（> = 1.20），绞喉（> = 2.2），MatrixStats.（> = 0.50.2），R.utils.（> = 2.3.0），RSAMTOOLS.（> = 1.20），生物相投（> = 1.6.6）
链接到
建议	生物焦（> = 1.8.0），bsgenome.（> = 1.38.0），消化（> = 0.6.8），Genomeinfodb.（> = 1.6.0），未来（> = 0.14.0），R.cache.（> = 0.12.0）
系统要求
加强
URL.	https://github.com/ccagc/qdnaseq.
Bugreports.	https://github.com/ccagc/qdnaseq/issues.
取决于我	genebreak.那qdnaseq.hg19.那qdnaseq.mm10.
进口我	hiccompare.
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

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源包	qdnaseq_1.16.0.tar.gz.
Windows二进制文件	qdnaseq_1.16.0.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	qdnaseq_1.16.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/qdnaseq.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ qdnaseq
包短网址	http://biocidodder.org/packages/qdnaseq//
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