这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PureCN。
Bioconductor版本:3.7
这个包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性丢失(LOH),并分类(SNVs)单核苷酸变异体细胞地位和单克隆。PureCN是专为有针对性的短读取测序数据,整合与标准体细胞变异检测和拷贝数管道,并支持肿瘤样本没有匹配的正常样本。
作者:马库斯·里斯(aut (cre) Angad p·辛格(aut)
维修工:马库斯·里斯<马库斯。里斯在novartis.com >
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R脚本 | PureCN概述 | |
R脚本 | 快速启动和命令行用法 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CopyNumberVariation,报道,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection |
版本 | 1.10.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.3 (r - 3.3)(2.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.3),DNAcopy,VariantAnnotation(> = 1.14.1) |
进口 | GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer,S4Vectors,data.tablegrDevices图形,统计,跑龙套,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,Rsamtools,Biostrings,BiocGenerics,rtracklayer,ggplot2,gridExtra,futile.logger,VGAM、工具、rhdf5,矩阵 |
链接 | |
建议 | PSCBS,BiocStyle,BiocParallel,knitr,optparse,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/lima1/PureCN |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | PureCN_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | PureCN_1.10.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | PureCN_1.10.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PureCN |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/ |
包下载报告 | 下载数据 |