pathwaysplice.

DOI：10.18129 / b9.bioc.pathwaysplice.

此套餐适用于Biocumonds 3.7版;对于稳定的最新版本版本，请参阅pathwaysplice.。

用于无偏的剪接路径分析的R包

生物导体版本：3.7

替代剪接的途径分析将被偏置，而不占与每个基因相关的不同数量的外显子，因为具有较高数量的外显子的基因更容易被包括在替代剪接中的“重要的”基因列表中。pathwaysplice是一种r封装，：（1）进行途径分析，该途径分析明确调整与每个基因相关的外显子数（2）可视化选择偏差，由于每个基因的不同的外显子（3）正式测试偏置的存在logistic regression (4) supports gene sets based on the Gene Ontology terms, as well as more broadly defined gene sets (e.g. MSigDB) or user defined gene sets (5) identifies the significant genes driving pathway significance (6) organizes significant pathways with an enrichment map, where pathways with large number of overlapping genes are grouped together in a network graph

作者：Aimin Yan，西陈，莉莉王

维护者：Aimin Yan

安装

要安装此包，请启动R并输入：

##如果不支持HTTPS：// URL，请尝试http：//源（“https://biocondudard.org/bioclite.r”）Bioclite（“pathwaysplice”）

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“PATHWAYPLICE”）

HTML.	r script.	pathwaysplice.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	替代品那差异化那去那GenesetenRichment.那graphandnetwork.那网络那NetworkenRichment.那途径那rnaseq.那回归那测序那软件那可视化
版本	1.4.0
执照	LGPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.5.0）
进口	Goseq.那BioBase.那剂量那重塑2.那iGraph.那org.hs.eg.db.那org.mm.eg.db.那生物根系那annotationdbi.那JunctionSeq.那百瑞德那go.db.那gdata.那Genelendatabase.，grdevices，图形，统计数据，utils，venndiagram.那rcolorbrewer.那EnsembldB.那annotationhub.那S4Vectors.那dplyr.那情节那网站那HTMLWidgets.那mgcv.那格拉底， 网格，贡献那娇媚那enrichmentbrowser.那注释那凯格斯特
链接到
建议	testthat.那kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	pathwaysplice_1.4.0.tar.gz.
Windows二进制文件	pathwaysplice_1.4.0.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	pathwaysplice_1.4.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/pathwaysplice.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ pathwaysplice
包短网址	http://biocidodder.org/packages/pathwaysplice/
包裹下载报告	下载统计信息