Pathostat

doi:10.18129/b9.bioc.Pathostat

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅Pathostat

Pathostat统计微生物组分析软件包

生物导体版本:3.7

该软件包的目的是对测序数据样本对元基因组学结果进行统计微生物组分析。特别是,它支持对病原体生成的报告文件的分析。Pathostat提供了各种功能,包括相对丰度图,多样性估计和图,差异丰度测试,时间序列可视化和核心OTU分析。

作者:solaiappan Manimaran ,Matthew Bendall ,sandro valenzuela diaz gmail.com> gmailarar> castro castro ,yue zhao ,w。evanjohnson

维护者:solaiapan manimaran ,yue zhao

引用(从r内,输入引用(“ pathostat”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ pathostat”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ pathostat”)

html R脚本 Pathostat介绍
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 GraphandNetwork,,,,宏基因组学,,,,微阵列,,,,微生物组,,,,图案表格,,,,委托人,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,可视化
版本 1.6.1
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(2年)
执照 GPL(> = 2)
要看 R(> = 3.4)
进口 林玛,,,,公司,,,,矩阵,,,,RESHAPE2,,,,,,,,GGPLOT2,,,,Rentrez,,,,DT,,,,花花公子,,,,plyr,,,,dplyr,,,,门索,,,,闪亮的,统计,方法,XML,图形,utils,生物使用,,,,EDGER,,,,deseq2,,,,复杂的图像,,,,情节,,,,Webshot,,,,素食主义者,,,,Shinyjs,,,,Glmnet,,,,Gmodels,,,,rocr,,,,rcolorbrewer,,,,尼特,,,,DevTools,,,,
链接
建议 rmarkDown,,,,测试
系统要求
增强
URL https://github.com/mani2012/pathostat
BugReports https://github.com/mani2012/pathostat/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 pathostat_1.6.1.tar.gz
Windows二进制 pathostat_1.6.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) pathostat_1.6.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/pactages/pathostat
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/pathostat
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/pathostat/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网