MSnbase

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnbase

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见MSnbase．

质谱和蛋白质组学的基本功能和类

Bioconductor版本:3.7

MSnbase为质谱和蛋白质组学数据的操作、处理和可视化提供了基础设施，从原始数据到定量数据和注释数据。

作者:Laurent Gatto, Johannes Rainer和Sebastian Gibb，由Guangchuang Yu, Samuel Wieczorek, vasille - cosmin Lazar, Vladislav Petyuk, Thomas Naake, Richie Cotton, Arne Smits, Martina Fisher, Ludger Goeminne, Adriaan Sticker和Lieven Clement贡献。

维护者:Laurent Gatto

安装

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超文本标记语言	R脚本	基于ms的蛋白质组学的基本函数和类
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超文本标记语言	R脚本	MSnbase:剖面模式质谱数据的中心化
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细节

biocViews	DataImport，基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	2.6.4
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.1)，方法，BiocGenerics(> =是0.7.1),Biobase(> = 2.15.2),mzR(> = 2.13.6),BiocParallel，ProtGenerics(> = 1.9.1)
进口	IRanges(> = 2.13.28),plyr，preprocessCore，vsn， grid, stats4，affy，嫁祸于，pcaMethods，MALDIquant(> = 1.16),mzID(> = 1.5.2),消化，晶格，ggplot2，S4Vectors，XML，尺度，质量，Rcpp
链接	Rcpp
建议	testthat，pryr，gridExtra，微基准测试，动物园，knitr(> = 1.1.0版),的方式，Rdisop，pRoloc，pRolocdata(> = 1.7.1上),msdata(> = 0.19.3),roxygen2，rgl，rpx，AnnotationHub，BiocStyle(> = 2.5.19),rmarkdown，imputeLCMD，规范，gplots，闪亮的，magrittr，SummarizedExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lgatto/MSnbase
BugReports	https://github.com/lgatto/MSnbase/issues
全靠我	msmsEDA，msmsTests，ProCoNA，pRoloc，pRolocdata，pRolocGUI，蛋白质组学，proteoQC，RforProteomics，synapter，xcms
进口我	DAPAR，DAPARdata，部，MSnID，MSstatsQC，Pbase，ProteomicsAnnotationHubData，RMassBank，topdownr
建议我	AnnotationHub，biobroom，BiocGenerics，等压线，msdata，qcmetrics，readat，rpx
链接到我
构建报告

包档案

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源包	MSnbase_2.6.4.tar.gz
Windows二进制	MSnbase_2.6.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MSnbase_2.6.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnbase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSnbase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSnbase/
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