MADSEQ

DOI:10.18129 / B9.bioc.MADSEQ

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见MADSEQ．

基于海量并行测序数据的镶嵌非整倍体检测与定量

Bioconductor版本:3.7

MADSEQ包提供了一组层次Bayeisan模型，用于马赛克非整倍体的检测，非整倍体类型的推断，也用于样本中非整倍体细胞比例的量化。

作者:孔宇，亚当·奥顿，约翰·默里·格雷利

维护者:玉孔<玉。Kong在phd.einstein。yu.edu>

安装

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超文本标记语言	R脚本	R包MADSEQ
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文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，CopyNumberVariation，报道，GenomicVariation，测序，软件，SomaticMutation，VariantDetection
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.4)，rjags(> = 4 - 6)
进口	VGAM，coda，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，S4Vectors、方法、preprocessCore，GenomicAlignments，Rsamtools，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，VariantAnnotation，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，rtracklayer，图形，统计，grDevices, utils，zlibbioc，vcfR
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ykong2/MADSEQ
BugReports	https://github.com/ykong2/MADSEQ/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MADSEQ_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	MADSEQ_1.6.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MADSEQ_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MADSEQ
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MADSEQ
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MADSEQ/
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