MADSEQ

DOI:10.18129 / B9.bioc.MADSEQ

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见MADSEQ

基于海量并行测序数据的镶嵌非整倍体检测与定量

Bioconductor版本:3.7

MADSEQ包提供了一组层次Bayeisan模型,用于马赛克非整倍体的检测,非整倍体类型的推断,也用于样本中非整倍体细胞比例的量化。

作者:孔宇,亚当·奥顿,约翰·默里·格雷利

维护者:玉孔<玉。Kong在phd.einstein。yu.edu>

引文(从R内,输入引用(“MADSEQ”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MADSEQ”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MADSEQ”)

超文本标记语言 R脚本 R包MADSEQ
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 贝叶斯CopyNumberVariation报道GenomicVariation测序软件SomaticMutationVariantDetection
版本 1.6.1
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(2年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 3.4),rjags(> = 4 - 6)
进口 VGAMcodaBSgenomeBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19S4Vectors、方法、preprocessCoreGenomicAlignmentsRsamtoolsBiostringsGenomicRangesIRangesVariantAnnotationSummarizedExperimentGenomeInfoDbrtracklayer,图形,统计,grDevices, utils,zlibbiocvcfR
链接
建议 knitr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ykong2/MADSEQ
BugReports https://github.com/ykong2/MADSEQ/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MADSEQ_1.6.1.tar.gz
Windows二进制 MADSEQ_1.6.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) MADSEQ_1.6.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MADSEQ
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MADSEQ
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MADSEQ/
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