inpas

doi:10.18129/b9.bioc.inpas

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅inpas

鉴定新型替代聚腺苷酸化位点(PAS)

生物导体版本:3.7

替代聚腺苷酸化(APA)是大多数人基因中发生的重要转录后调节机制之一。INPA促进了RNASEQ数据发现新型APA位点的发现。它利用清理量来微调确定的APA站点。

作者:Jianhong OU,Sung Mi Park,Michael R. Green和Lihua Julie Zhu

维护者:jianhong ou ,lihua julie zhu

引用(从r内,输入引用(“ INPA”)):

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html R脚本 INPAS小插图
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文本 消息

细节

生物浏览 替代方案,,,,覆盖范围,,,,差速器,,,,结肠管制,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,转录
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(3.5岁)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.1),方法,生物酶,,,,基因组机,,,,GenomicFeatures,,,,S4VECTORS
进口 AnnotationDbi,,,,BSGENOME,,,,清理,,,,GVIZ,,,,seqinr,,,,预处理,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,DEPMIXS4,,,,林玛,,,,生物比较
链接
建议 运行,,,,生物基因,,,,生物使用,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene,,,,rtracklayer,,,,尼特
系统要求
增强
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源包 inpas_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 inpas_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) inpas_1.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/inpas
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/inpas
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/inpas/
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