ImpulseDE2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ImpulseDE2

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见ImpulseDE2．

纵向计数数据集的差分表达式分析

Bioconductor版本:3.7

impulse sede2是一种针对RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、DNaseI-seq等测序实验中出现的纵向计数数据集的差分表达算法。impulse sede2基于DESeq2离散趋势平滑的负二项式噪声模型，利用脉冲模型约束每个基因的平均表达轨迹。根据经验，脉冲模型适合环境和发育刺激后细胞的整体表达变化，因此适用于大多数细胞生物学场景。对平均表达式轨迹的约束可以防止对小表达式波动的过拟合。其次，由于参数数量固定，当采样时间点超过6个时，impulse sede2比基于广义线性模型的拟合时间为类别变量的微分表达式算法具有更高的统计检验能力。

作者:David S Fischer [aut, cre]， Fabian J Theis [ctb]， Nir Yosef [ctb]

维护者:David S Fischer < David。Fischer在helmholtz-muenchen.de>

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超文本标记语言	R脚本	ImpulseDE2装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，DifferentialExpression，GeneExpression，测序，软件，StatisticalMethod，TimeCourse
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase，BiocParallel，ComplexHeatmap，circlize编译器,cowplot，DESeq2，ggplot2grDevices,knitr，矩阵、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
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增强了
URL
BugReports	https://github.com/YosefLab/ImpulseDE2/issues
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包档案

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源包	ImpulseDE2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ImpulseDE2_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ImpulseDE2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ImpulseDE2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ impulse sede2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ImpulseDE2/
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