HTSanalyzeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.HTSanalyzeR

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见HTSanalyzeR

高通量筛选的基因集过度表达、富集和网络分析

Bioconductor版本:3.7

该软件包提供了在高通量屏幕上进行基因集过度表示、富集和网络分析的类和方法。基于超几何检验进行了过度表征分析。富集分析基于GSEA算法(Subramanian et al。PNAS 2005)。网络分析基于BioNet包的算法识别丰富的子网络(Beisser等人,生物信息学2010年)。还专门为cellHTS2对象设计了一个管道,以执行高通量RNA干扰筛选的综合网络分析。用户可以基于这个包为自己的数据集构建自己的分析管道。

作者:王欣, Camille Terfve ,约翰C.罗斯, Florian Markowetz

维护者:Xin Wang

引文(从R内,输入引用(“HTSanalyzeR”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“HTSanalyzeR”)

文档

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PDF R脚本 主要插图:利用HTSanalyzeR对高通量RNAi筛选数据进行基因集富集和网络分析
PDF 参考手册

细节

biocViews CellBasedAssaysMultipleComparison软件
版本 2.32.0
在Bioconductor BioC 2.7 (R-2.12)(8年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.15),igraph、方法
进口 igraphGSEABase生命网络cellHTS2AnnotationDbibiomaRtRankProd
链接
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SystemRequirements
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包档案

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源包 HTSanalyzeR_2.32.0.tar.gz
Windows二进制 HTSanalyzeR_2.32.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) HTSanalyzeR_2.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HTSanalyzeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HTSanalyzeR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/HTSanalyzeR/
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