GlobalAncova

DOI:10.18129 / B9.bioc.GlobalAncova

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见GlobalAncova．

计算组间差异基因表达的全局测试

Bioconductor版本:3.7

我们给出了以下论据来支持GlobalAncova方法:经过适当的归一化，基因表达数据看起来相当对称，异常值不是真正的问题，因此最小二乘应该相当稳健。具有相互作用的ANCOVA产生饱和数据建模，例如每个组和基因的不同均值。协变量调整有助于纠正可能的选择偏差。方差同质性和不相关残差不可预期。应用普通最小二乘给出无偏估计，但不再是最优估计(gagas - markov - aitken)。因此，由于相关性，使用经典的f检验是不合适的。然而，检验统计量反映了与原假设的偏差。结合排列方法，经验显著性水平可以近似。或者，近似产生渐近的p值。这项工作得到了德国BMBF的NGFN赠款01 GR 0459的支持。

作者:U. Mansmann, R. Meister, M. Hummel, R. Scheufele, S. Knueppel投稿

维修工:Manuela Hummel

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GlobalAncova”)

文档

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PDF	R脚本	GlobalAncova.pdf
PDF	R脚本	GlobalAncovaDecomp.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，微阵列，OneChannel，通路，软件
版本	3.48.0
在Bioconductor	BioC 1.7 (R-2.2)(13年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	方法,corpcor，globaltest
进口	注释，AnnotationDbi
链接
建议	Biobase，注释，GO.db，KEGG.db，golubEsets，hu6800.db，vsn，GSEABase，Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
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进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	GlobalAncova_3.48.0.tar.gz
Windows二进制	GlobalAncova_3.48.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GlobalAncova_3.48.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GlobalAncova
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GlobalAncova
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GlobalAncova/
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