GenomicScores

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicScores

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicScores．

用于全基因组位置特定评分的基础设施

Bioconductor版本:3.7

在R和Bioconductor中提供存储和访问全基因组位置特定分数的基础设施。

作者:Robert Castelo [aut, cre]， Pau Puigdevall [ctb]

维护者:Robert Castelo < Robert。Castelo在upf.edu>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“基因组分数”)

文档

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browseVignettes(“GenomicScores”)

超文本标记语言	R脚本	基因组分数包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，基础设施，测序，软件
版本	1.4.1
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)，S4Vectors(> = 0.7.21),GenomicRanges、方法、BiocGenerics(> = 0.13.8)
进口	跑龙套,XML，Biobase，IRanges(> = 2.3.23),Biostrings，BSgenome，GenomeInfoDb，AnnotationHub
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg19，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，VariantAnnotation，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，gwascat，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/GenomicScores
BugReports	https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues
全靠我	fitCons.UCSC.hg19，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38
进口我	ATACseqQC，RareVariantVis，VariantFiltering
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicScores_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	GenomicScores_1.4.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GenomicScores_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicScores
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicScores
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicScores/
软件包下载报告	下载数据