Genomicranges.

DOI：10.18129 / b9.bioc.genomicranges.

此套餐适用于Biocumonds 3.7版;对于稳定的最新版本版本，请参阅Genomicranges.。

表示和操纵沿着基因组定义的基因组间隔和变量

生物导体版本：3.7

有效地表示和操纵基因组注释和对准的能力在分析高吞吐量排序数据（A.K.A.NGS数据）时扮演核心作用。基因组ranges包定义了用于存储和操纵沿基因组定义的基因组间隔和变量的通用容器。用于代表和操纵对参考基因组的短对准的更多专用容器，或者实验的矩阵状概述分别在基因组和概括的应用程序中定义。这两个包都构建在基础设施的基础设施之上。

作者：P.Aboyoun，H.Pagès和M. Lawrence

维护者：Bioconductor Package维护者

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PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	注解那覆盖范围那遗传学那GenomeanNotation.那基础设施那测序那软件
版本	1.32.7
在生物导体中以来	BIOC 2.6（R-2.11）（8.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 2.10），方法，stats4，生物根系（> = 0.25.3），S4Vectors.（> = 0.17.32），绞喉（> = 2.14.4），Genomeinfodb.（> = 1.15.2）
进口	utils，stats，xvector.（> = 0.19.8）
链接到	S4Vectors.那绞喉
建议	BioBase.那annotationdbi.（> = 1.21.1），注释那生物仪器（> = 2.25.3），RSAMTOOLS.（> = 1.13.53），概括分析（> = 0.1.5），矩阵那基因管理那rtracklayer.那bsgenome.那基因组法那GVIZ.那VariantAnnotation.那annotationhub.那deseq2.那Dexseq.那edger.那keggraph.那生物焦那消化那运行那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.那bsgenome.scerevisiae.ucsc.saccer2.那kegg.db.那hgu95av2.db.那org.hs.eg.db.那org.mm.eg.db.那org.sc.sgd.db.那帕西拉那Pasillabamsubset.那txdb.athalana.biomart.plantsmart22.那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10那txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene.那rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14.那hgu95av2probe.
系统要求
加强
URL.
取决于我	等位基因矛纪那Anufinder.那annmap.那annotationhubdata.那baalchip.那Basic4cseq.那Basicstarrseq.那贝凯那Biomvrcns.那Biseq.那BNBC.那BPRMeth.那bsgenome.那BSSeq.那Bubbletree.那Bumphunter.那咖啡店那CageFightr.那卡斯珀那Champdata.那收费那张2010那嵌合体那Chimeraviz那ChipanAlyser.那浮雕那Chippeakanno.那chipqc.那chipseq.那Chrogps.那Chromplot.那铬星座那ChromSchitch.那Cindex.那Cleanupdtseq.那cn.mops.那CNPBAYES.那CNVGSA.那CNVPanelizer那COMPETOOLS.那共识那CSAR.那CSAW.那Deepsnv.那descan2.那deseq2.那Dexseq.那困惑那Diffhic.那DMCHMM.那dmrcaller.那dmrcatedata.那DMRFORWAIRS.那dnashaper.那doqtl.那eatonetalchipseq.那enroichedheatmap.那Ensembldb.那Ensemblvep.那Epigenomix.那esatac.那exoMecopy.那快速那FCCAC.那Fourcseq.那Funchip.那genebreak.那generxcluster.那genogam.那基因管理那基因组法那基因组夫妇那基因组织那基因组那Genoset.那Geuvstore2.那GMAPR.那GMRP.那哥特那格雷比亚斯核糖那GROHMM那Gtrellis.那GUIDESEQ.那吉他那GVIZ.那Helloranges.那Hiannotator.那希伯特科那hit那htseqtools.那德国兹那IGVR.那inpas.那划那incansv.那互动那兴趣那iwtomics.那Karyploter.那升降机那Mbased.那比赛那meth那甲烷分析那Methylkit.那甲基皮脂那Minfi.那msgbsr.那mutationalpatterns.那Nadfinder.那omiccircos.那orfik.那PGA.那p那普利兰语那Podkat.那Quasr.那r3cseq.那raggedexperiment.那r那rcade.那补偿那林那RFPRED.那r那Riboseqr.那Ripseeker.那rjmcmcncnucosomes.那rnbeads.那rnbeads.hg19.那rnbeads.hg38.那rnbeads.mm10.那rnbeads.mm9.那rnbeads.rn5.那RSAMTOOLS.那rsvsim.那rtracklayer.那scale4c.那Semmentseq.那SEQBIAS.那SEQCAT.那测序那SGSEQ.那Sictools.那sigfuge.那屏那斯文那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那Somaticsignatures.那概括分析那tarseqqc.那TNT.那TrackViewer.那rissview.那拖拉器那Trnascanimport.那香草那VariantAnnotation.那Varianttools.那vtpnet.那vulcan.那波兰人那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那耶稣
进口我	aldex2.那高寒那扩增人那annotationfilter.那annotatr.那apeglm.那ArrayExpresshts.那Aspli.那Atacseqqc.那BadregionFinder.那舞会礼服那Bamsignals.那Bbcanalyzer.那Beadarray.那打那一条页那Biovizbase.那Biseq.那Branchpointer.那bsgenome.那蛋糕那Cexor.那cgdv17.那冠军那别致那Chipenrich.那chipenrich.data.那chipexoqual.那ChipSeeker.那chipseq.那chipseqr.那chipseqspike.那Chromwaw.那ChromheatMap.那Chromvar.那克那彗星那cont那骗子那CopyNumber.那撰稿人那宇宙.67那CoverageView.那Crisprseekplus.那Crisprvariants.那Customprodb.那dchiprep.那德布雷斯勒那德布勒那畸形那德内捷德那derfinderplot那差异那dmrcate.那DMRSCAN.那DMRSEQ.那多米诺骨牌效应那德里姆瑟克那easyrnaseq.那edaseq.那埃尔默那elmer.data.那Epivizr.那Epivizrdata.那erma.那eventPointer.那fitcons.ucsc.hg19.那拖鞋那Fourcseq.那funcisnp.那Ga4ghclient.那GCAPC.那GenBankr.那基因测定那GenegeneInter那创世纪那Genestructuretools.那基因组那GenomeIntervals.那基因管理那GenomicDataComons.那基因组互动那GenotyPeeval.那Genvisr.那GGBase.那GGBIO.那GGTools.那Gofuncr.那GoogleGenomics.那gqtlbase.那gqtlstats.那Gwascat那H5VC那暖步那hiccompare.那HireadsProcessor.那htseqgenie.那理想的那IMAS.那检查那潮流器那IsoformSwitchAnalyzer.那Isomirs.那迭代那IVAS.那JunctionSeq.那Karyploter.那Leebamviews.那loci2path.那萝拉那lumi.那M3D.那宏伟那Madseq.那mafdb.1kgenomes.phase1.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5.那mafdb.1kgenomes.phase3.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5.那mafdb.esp6500si.v2.ssa137.grch38.那mafdb.esp6500si.v2.ssa137.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.grch38.那mafdb.exac.r1.0.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.grch38.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5.那mafdb.gnomad.r2.0.1.grch38.那mafdb.gnomad.r2.0.1.hs37d5.那mafdb.gnomadex.r2.0.1.grch38.那mafdb.gnomadex.r2.0.1.hs37d5.那mafdb.topmed.freeze5.hg19.那mafdb.topmed.freeze5.hg38.那McSea.那MDTS.那一顿饭那冰雹那MethiLheritsim.那甲烷分析那甲基术那Methylseekr.那弥撒那最小值那米拉那mmdiff2.那马赛克那MotifBreakr.那motifmatchr.那MultiAsaySayexperiment.那多atAdataset.那ringerpeaks.那诺考那核核酸那oligoclasses.那omadb.那OpenProper.那有机族那Organismdbi.那Panelcn.mops.那PBASE.那pcaexplorer.那佩珀纳特那百事可乐那Phastcons100way.ucsc.hg19.那phastcons100way.ucsc.hg38那Phastcons7way.ucsc.hg38.那PI.那图片那pqsfinder.那预先那验证那pur那PVIZ.那粉末那QDNASEQ.那QPGraph..那QSEA.那R3CPET.那r453plus1toolbox.那Rarevariantvis.那RCA.那rcgh.那叙事那revountworkflow.那林那RegionReport.那重新那repitools.那RGMQL.那riboprofiling那rnaprobr.那rnaseqmap.那怒吼那rtcgatoolbox.那抚慰那得分invhap.那seq2pathway.那SEQARRAY.那seqpattern.那seqplots.那seqsetvis.那SEQSQC那SEQVARTOOLS.那塞塞伦那缩短那签收那Simulatorz.那SNPCHIP.那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp151.grch38.那Soggi.那SomaticCencealterations那Sparsesignatures.那拼接器那拼接照片那碎片那Srnadiff.那斯坦那svm2crm.那Systempiper.那tcgabiolinks.那tcgautils.那tcgaworkflow.那Tcseq.那tfarm.那TFBStools.那tfea.chip.那TFHAZ.那tfutils.那Titancna.那Tracktables.那经纪人那特纳那扭转那Trnascanimport.那Tsrchitect那TVTB.那txreginfra.那奥尼润那变型滤波器那Varianttoolsdata.那挥舞车那Wiggleplotr.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那yrimulti
建议我	alleteringplicingevents.hg19.那alleteringplicingevents.hg38那annotationhub.那beadarrayusecases.那生物室那生物根系那生物相投那芝加哥那腹带那Epivizrchart.那Genomeinfodb.那geuvadistranscriptexpr.那光明那Gsreg.那Gwastools.那HDF5Array.那互动神血那绞喉那metaseqr.那幻影那ringerpeaks.那ngscopy.那omicsprint.那onassis.那RTCGA.那S4Vectors.那SEQGSEA.那single.mtec.transcriptomes.
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源包	genomicranges_1.32.7.ta​​r.gz.
Windows二进制文件	GenomicRanges_1.32.7.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	Genomicranges_1.32.7.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/genomicranges.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/基因组ranges
包短网址	http://biocumon.org/packages/genomicranges/
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