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GenomicInteractions
DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractions
此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicInteractions．
处理基因组相互作用数据的R包
Bioconductor版本:3.7
处理基因组相互作用数据的R包，如ChIA-PET/Hi-C，用相互作用信息注释基因组特征，生成各种图/统计数据。
作者:汉斯顿，N.， Ing-Simmons, E.，佩里，M.， Baresic, A.， Lenhard, B.。
维护者:Liz Ing-Simmons < Liz。Ingsimmons在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“GenomicInteractions”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“基因组交互”)
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“GenomicInteractions”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | chiapet_vignette.html |
| 超文本标记语言 | R脚本 | GenomicInteractions-HiC |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport，DataRepresentation，嗝，基础设施，软件 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(四年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，InteractionSet |
| 进口 | Rsamtools，rtracklayer，GenomicRanges(> = 1.29.6),IRanges，BiocGenerics(> = 0.15.3),data.table，stringr，GenomeInfoDb，ggplot2、网格gridExtra、方法、igraph，S4Vectors(> = 0.13.13),dplyr，Gviz，Biobase，图形，统计，utils, grDevices |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，BiocStyle，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/ |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | 芝加哥，埃尔默，sevenC |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | GenomicInteractions_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GenomicInteractions_1.14.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | GenomicInteractions_1.14.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicInteractions |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractions/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
