基因组签名

doi:10.18129/b9.bioc。基因组学

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅基因组签名

短基因组比对的表示和操纵

生物导体版本:3.7

提供有效的容器来存储和操纵短基因组比对(通常通过将简短读数与参考基因组对齐获得)。这包括读取计数,计算覆盖范围,连接检测以及对齐的核苷酸含量。

作者:HervéPagès,Valerie Obenchain,Martin Morgan

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“基因组”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“基因组签名”)

文档

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Browsevignettes(“基因组”)

PDF R脚本 基因组签名包的介绍
PDF R脚本 计数读取用摘要胶带读取
PDF R脚本 重叠编码
PDF R脚本 使用对齐的核苷酸
PDF 参考手册
文本 消息
视频 从BAM文件阅读 - 第1部分
视频 从BAM文件读取 - 第2部分

细节

生物浏览 结盟,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,遗传学,,,,基础设施,,,,rnaseq,,,,SNP,,,,测序,,,,软件
版本 1.16.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(4。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 2.10),方法,生物基因(> = 0.15.3),S4VECTORS(> = 0.17.28),iranges(> = 2.13.25),GenomeInfodB(> = 1.13.1),基因组机(> = 1.31.19),总结性特征(> = 1.9.13),生物弦(> = 2.47.6),rsamtools(> = 1.31.2)
进口 方法,utils,stats,生物基因,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,基因组机,,,,生物弦,,,,rsamtools,,,,生物比较
链接 S4VECTORS,,,,iranges
建议 Shortread,,,,rtracklayer,,,,BSGENOME,,,,GenomicFeatures,,,,rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14,,,,pasillabamsubset,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,deseq2,,,,EDGER,,,,运行,,,,生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我 等位基因平衡,,,,basic4cseq,,,,BasicStarrseq,,,,嵌合体,,,,chipexoqual,,,,外表,,,,GoogleGenomics,,,,grohmm,,,,吉他,,,,Helloranges,,,,Hireadsprocessor,,,,ORFIK,,,,Prebs,,,,补偿,,,,Ripseeker,,,,rnaseqgene,,,,RNASEQMAP,,,,测序,,,,Shortread,,,,剪接图
进口我 高山,,,,Aneufinder,,,,阿斯普利,,,,atacseqqc,,,,Baalchip,,,,Biovizbase,,,,卡格,,,,Chimeraviz,,,,Chippeakanno,,,,chipqc,,,,Chromstar,,,,CNER,,,,contibait,,,,copywriter,,,,CoverageView,,,,crisprvariants,,,,CustomProdb,,,,德芬德,,,,DESCAN2,,,,差异,,,,EasyRnaseq,,,,Fourcseq,,,,Funchip,,,,GCAPC,,,,Genogam,,,,基因组化,,,,Genomicfiles,,,,GGBIO,,,,GMAPR,,,,Greylistchip,,,,Guideseq,,,,GVIZ,,,,htseqgenie,,,,IMAS,,,,检查,,,,兴趣,,,,Leebamviews,,,,Macpet,,,,Madseq,,,,MDTS,,,,metagene,,,,甲基管,,,,马赛克,,,,MSGBSR,,,,NADFINDER,,,,图片,,,,plyranges,,,,,,,,拉姆瓦斯,,,,rcade,,,,repitools,,,,肋骨蛋白,,,,rnaprobr,,,,怒吼,,,,RQC,,,,rtracklayer,,,,seqplots,,,,sgseq,,,,soggi,,,,剪接图,,,,碎片,,,,Srnadiff,,,,tarseqqc,,,,TCSEQ,,,,TrackViewer,,,,transcriptr,,,,tsrchitect
建议我 Alpinedata,,,,扩增器,,,,生物比较,,,,量规,,,,GenomeInfodB,,,,GenomicDataCommons,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,iranges,,,,甲状旁腺,,,,rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14,,,,rnaseqtutorial,,,,rsamtools,,,,相似,,,,流媒体
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Genomicalignments_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 Genomicalignments_1.16.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) Genomicalignments_1.16.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicalignments
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/基因组学
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/genomicalignments/
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