GenomeInfoDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomeInfoDb

此包适用于Bioconductor的3.7版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomeInfoDb．

用于操作染色体和其他'seqname'标识符的实用程序

Bioconductor版本:3.7

包含定义并允许在不同染色体序列命名约定(例如，“chr1”与“1”)之间进行转换的数据和函数，包括一个试图按自然顺序而不是字典顺序排列序列名称的函数。

作者:索纳利·阿罗拉，马丁·摩根，马克·卡尔森，H. Pagès

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("GenomeInfoDb")

文档

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browseVignettes(“GenomeInfoDb”)

PDF	R脚本	GenomeInfoDb: GenomeInfoDb简介
PDF	R脚本	将你的生物体提交到GenomeInfoDb
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		简单的任务

细节

biocViews	注释，DataRepresentation，遗传学，GenomeAnnotation，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor公司	BioC 2.14 (R-3.1)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.1)，方法，BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12)
进口	Stats, stats4, utils，RCurl，GenomeInfoDbData
链接
建议	GenomicRanges，Rsamtools，GenomicAlignments，BSgenome，GenomicFeatures，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，RUnit，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	BSgenome，bumphunter，ChIPComp，食典委，CSAR，eQTL，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomicTuples，gmapR，groHMM，HelloRanges，htSeqTools，IdeoViz，methyAnalysis，Rsamtools，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，VariantAnnotation，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38
进口我	AllelicImbalance，高山，amplican，AneuFinder，AnnotationHubData，annotatr，ATACseqQC，BaalChIP，舞会礼服，BasicSTARRseq，biovizBase，BiSeq，bnbc，分歧点，BSgenome，bsseq，CAGEfightR，篮球选手，卡斯珀，CexoR，chimeraviz，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPpeakAnno，ChIPseeker，chromstaR，chromVAR，CINdex，cn.mops，cn，CNPBayes，CNVPanelizer，compEpiTools，consensusSeekeR，conumee，文案，CrispRVariants，csaw，customProDB，位深蓝，derfinder，derfinderPlot，DEScan2，diffHic，diffloop，DMRScan，dmrseq，DominoEffect，easyRNASeq，埃尔默，ensembldb，ensemblVEP，epigenomix，epivizrData，epivizrStandalone，erma，esATAC，EventPointer，exomeCopy，fitCons.UCSC.hg19，FunChIP，funtooNorm，GA4GHclient，GA4GHshiny，gcapc，genbankr，geneAttribution，GenoGAM，genomation，genomeIntervals，GenomicFiles，GenomicInteractions，GenomicScores，genoset，genotypeeval，GenVisR，ggbio，GGtools，GoogleGenomics，gQTLstats，grasp2db，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，gwascat，h5vc，的热图，HiTC，HTSeqGenie，ima，InPAS，InteractionSet，IsoformSwitchAnalyzeR，iva，karyoploteR，ldblock，MACPET，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，metagene，metavizr，methimpute，methInheritSim，methylKit，methylPipe，methylumi，methyvim，minfi，MinimumDistance，马赛克，motifbreakR，motifmatchr，msgbsR，MutationalPatterns，myvariant，NADfinder，NarrowPeaks，normr，诊断，ORFik，Organism.dplyr，panelcn.mops，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，π，plyranges，podkat，prebs，ProteomicsAnnotationHubData，PureCN，qpgraph，qsea，QuasR，R3CPET，r3Cseq，RareVariantVis，Rariant，Rcade，美国广播公司，rCGH，重新计票，地区，regionReport，Repitools，RiboProfiling，riboSeqR，RJMCMCNucleosomes，咆哮，RTCGAToolbox，rtracklayer，scmeth，segmentSeq，SeqArray，seqCAT，seqplots，sevenC，SGSeq，ShortRead，SNPchip，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，soGGi，SomaticSignatures，SparseSignatures，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，斯坦，SummarizedExperiment，TarSeqQC，TCGAbiolinks，TCGAutils，TCGAWorkflow，TFBSTools，TFutils，TitanCNA，三硝基甲苯，trackViewer，transcriptR，tRNAscanImport，TSRchitect，TVTB，TxRegInfra，VanillaICE，VariantFiltering，VariantTools，wiggleplotr，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，YAPSA，yriMulti
建议我	AnnotationForge，AnnotationHub，BiocOncoTK，chromswitch，ExperimentHubData，gQTLBase，QDNAseq，收回
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomeInfoDb_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	GenomeInfoDb_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GenomeInfoDb_1.16.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GenomeInfoDb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomeInfoDb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomeInfoDb/
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