Genogam
doi：10.18129/b9.bioc.genogam
该包适用于生物导体的3.7版；对于稳定的最新版本，请参阅Genogam。
基于GAM的芯片序列数据的框架
生物导体版本：3.7
该软件包允许使用R-PAKEAGE“ MGCV”的实现，对全基因组数据进行统计分析，并使用普通的加法模型进行统计分析。它提供了对CHIP-SEQ数据的统计分析的方法，包括推断蛋白质占用率，以及尖锐的和区域差分分析。分散和平滑参数的估计是通过交叉验证执行的。通过在重叠的基因组间隔内并行化，可以平行化整个染色体的广义加性模型拟合。
作者：Georg Stricker [AUT，CRE]，Alexander Engelhardt [aut]，Julien Gagneur [aut]
维护者：Georg Stricker
引用（从r内，输入引用（“ Genogam”））：
安装
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##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ genogam”）
文档
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| R脚本 | Genogam：全基因组广义添加剂模型 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | chipseq，，，，差异性，，，，差异词，，，，表观遗传学，，，，遗传学，，，，回归，，，，软件 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.3（R-3.3）（2。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 3.3），rsamtools（> = 1.18.2），总结性特征（> = 1.1.19），基因组机（> = 1.29.14），方法 |
| 进口 | 生物比较（> = 1.5.17），Data.Table（> = 1.9.4），deseq2（> = 1.11.23），徒劳（> = 1.4.1），GenomeInfodB（> = 1.7.6），基因组签名（> = 1.7.17），iranges（> = 2.11.16），MGCV（> = 1.8），RESHAPE2（> = 1.4.1），S4VECTORS（> = 0.9.34），生物弦（> = 2.39.14） |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，chipseq（> = 1.21.2），LSD（> = 3.0.0），GeneFilter（> = 1.54.2），GGPLOT2（> = 2.1.0），测试，，，，尼特 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/gstricker/genogam |
| BugReports | https://github.com/gstricker/genogam/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | genogam_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | genogam_1.8.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | genogam_1.8.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genogam |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/genogam |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/genogam/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
