GeneNetworkBuilder

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneNetworkBuilder

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GeneNetworkBuilder。

建立监管网络从ChIP-chip / ChIP-seq和表达数据

Bioconductor版本:3.7

多线程的发现直接或间接目标转录因子使用ChIP-chip或ChIP-seq,和微阵列或RNA-seq基因表达数据。输入一组基因的潜在目标一个特遣部队ChIP-chip或ChIP-seq和基因表达的结果,GeneNetworkBuilder生成一个特遣部队的监管网络。

作者:Jianhong Ou,叫海波Liu海蒂Tissenbaum和丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在umassmed.edu >

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HTML	R脚本	GeneNetworkBuilder装饰图案
HTML	R脚本	处理BioGRID时,字符串
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细节

biocViews	GraphAndNetwork,微阵列,测序,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.15.1),Rcpp(> = 0.9.13)
进口	plyr,图,htmlwidgets,Rgraphviz,rjson,XML、方法、grDevices、统计数据、图形
链接	Rcpp
建议	RUnit,BiocGenerics,RBGL,knitr,simpIntLists,闪亮的,STRINGdb
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeneNetworkBuilder_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	GeneNetworkBuilder_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GeneNetworkBuilder_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneNetworkBuilder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneNetworkBuilder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneNetworkBuilder/
包下载报告	下载数据