GUIDEseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.GUIDEseq

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见GUIDEseq

GUIDE-seq分析管道

Bioconductor版本:3.7

该软件包实现了GUIDE-seq分析工作流,包括获取唯一的插入位点(裂解位点的代理),估计插入位点的位置,也就是峰值,从正负链合并估计的插入位点,以及对插入位点周围的扩展区域执行脱靶搜索的函数。

作者:朱丽华,迈克尔·劳伦斯,安基特·古普塔,Hervé Pagès,阿尔珀·库库库拉尔,曼努埃尔·加伯,斯科特·a·沃尔夫

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。在umassmed.edu>

引文(从R内,输入引用(“GUIDEseq”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GUIDEseq”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GUIDEseq”)

PDF R脚本 GUIDEseq装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CRISPRGeneRegulation测序软件WorkflowStep
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(3年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.2.0),GenomicRangesBiocGenerics
进口 BiocParallelBiostringsCRISPRseekChIPpeakAnnodata.tablematrixStatsBSgenome平行,IRanges(> = 2.5.5),S4Vectors(> = 0.9.6),GenomicAlignments(> = 1.7.3),GenomeInfoDbRsamtools哈希limma
链接
建议 knitrRUnitBiocStyleBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneorg.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 crisprseekplus
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GUIDEseq_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 GUIDEseq_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) GUIDEseq_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GUIDEseq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GUIDEseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GUIDEseq/
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