GSEABase

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABase

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见GSEABase．

基因集合富集数据结构和方法

Bioconductor版本:3.7

这个包提供了支持基因集合富集分析(GSEA)的类和方法。

作者:Martin Morgan, Seth Falcon, Robert Gentleman

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GSEABase”)

文档

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browseVignettes(“GSEABase”)

PDF	R脚本	GSEABase简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，KEGG，软件
版本	1.42.0
Bioconductor自	BioC 2.1 (R-2.6)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase(> = 2.17.8),注释(> = 1.45.3)、方法图(> = 1.37.2)
进口	AnnotationDbi，XML
链接
建议	hgu95av2.db，GO.db，org.Hs.eg.db，Rgraphviz，ReportingTools，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AGDEX，BicARE，CCPROMISE，cpvSNP，gCMAP，GSVAdata，npGSEA，承诺，singscore，splineTimeR，TissueEnrich
进口我	AUCell，BioCor，癌症，类别，categoryCompare，cellHTS2，EnrichmentBrowser，gCMAPWeb，gep2pep，GISPA，GSRI，GSVA，HTSanalyzeR，MIGSA，mogsa，oppar，PCpheno，phenoTest，帖子，承诺，RcisTarget，ReportingTools，激流回旋，TFutils
建议我	BiocCaseStudies，clusterProfiler，计，GlobalAncova，globaltest，GOstats，GSAR，GSEAlm，桅杆，PGSEA，phenoTest，TFEA。芯片
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GSEABase_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	GSEABase_1.42.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GSEABase_1.42.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GSEABase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GSEABase/
包下载报告	下载数据