GOfuncR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOfuncR

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见GOfuncR．

利用FUNC富集基因本体

Bioconductor版本:3.7

GOfuncR基于本体富集软件FUNC进行基因本体富集分析。go注释从有机体mdb或OrgDb包('Homo. OrgDb ')中获得。默认为Sapiens);GO-graph包含在包中，并定期更新(2018年4月10日)。GOfuncR提供了使用超几何检验的标准候选与背景富集分析，以及另外三个检验:(i)对基因进行排序时使用的Wilcoxon秩和检验，(ii)当基因与两个计数相关时使用的二项检验，以及(iii)当基因与四个计数相关时使用的卡方检验或Fisher精确检验。为了纠正多重测试和测试的相互依赖性，基于基因相关变量的随机排列来计算家族错误率。GOfuncR还提供了探索本体论图和注释的工具，以及考虑基因长度或基因空间聚类的选项。从0.99.14版本开始，还可以提供自定义注释和本体。

作者:Steffi Grote

维护:Steffi Grote

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GOfuncR”)

文档

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超文本标记语言	R脚本	GOfuncR简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去，GeneSetEnrichment，软件
版本	1.0.0
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)，vioplot(> = 0.2)
进口	Rcpp(> = 0.11.5),mapplots(> = 1.5),gtools(> = 3.5.0),GenomicRanges(> = 1.28.4),AnnotationDbi， utils, grDevices，图形，统计
链接	Rcpp
建议	Homo.sapiens，BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GOfuncR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	GOfuncR_1.0.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GOfuncR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOfuncR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GOfuncR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GOfuncR/
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