该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅埃尔默。
生物导体版本:3.7
Elmer被设计为使用大量样品中的DNA甲基化和基因表达,用于原代组织中的输液调节元件景观和转录因子网络。
作者:Tiago Chedraoui Silva [AUT,CRE],Lijing Yao [aut],Simon Coetzee [aut],Nicole Gull [CTB],Hui Shen [CTB],Peter Laird [CTB],Peggy Farnham [aut],DeChen Li [aut]CTB],本杰明·伯曼[aut]
维护者:tiago chedraoui silva
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Browsevignettes(“ Elmer”)
html | R脚本 | 1 -Elmer v.2:R/生物导体包,用于从DNA甲基化和转录组轮廓重建基因调节网络 |
html | R脚本 | 11 -Elmer:用例 |
html | R脚本 | 2-简介:输入数据 |
html | R脚本 | 3.1-数据输入 - 创建MAE对象 |
html | R脚本 | 3.2-识别差异甲基化探针 |
html | R脚本 | 3.3-识别推定的探针对 |
html | R脚本 | 3.4-对所选探针的基序富集分析 |
html | R脚本 | 3.5-识别监管TFS |
html | R脚本 | 3.6 -tcga.pipe:以紧凑的方式运行tcga数据的Elmer |
html | R脚本 | 4.1-散点图 |
html | R脚本 | 4.2-示意图 |
html | R脚本 | 4.3-图案富集图 |
html | R脚本 | 4.4-监管TF图 |
html | R脚本 | 4.5-热图图 |
html | R脚本 | 5-具有TCGABIOLINKS和ELMER的综合分析研讨会 - GUI分析 |
参考手册 |
生物浏览 | DNAMETHYLATY,,,,基因表达,,,,结肠管制,,,,图案,,,,网络,,,,软件,,,,转录 |
版本 | 2.4.4 |
在生物导体中 | Bioc 3.2(R-3.2)(3年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.4.0),Elmer.Data |
进口 | 基因组机,,,,GGPLOT2,,,,重塑,网格,grdevices,图形,方法,并行,统计,utils,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,S4VECTORS,,,,GenomicFeatures,,,,tcgabiolinks(> = 2.5.5),plyr,,,,矩阵,,,,dplyr,,,,GVIZ,,,,复杂的图像,,,,循环,,,,多亚sayExexperiment,,,,总结性特征,,,,Biomart,,,,多帕尔,,,,下载器,,,,Ggrepel,,,,格子,,,,马格里特,,,,readr,,,,rvest,,,,XML2,,,,情节,,,,栅格,,,,rmarkDown,,,,Stringr |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,测试,,,,DT,,,,基因组间,,,,Webshot,,,,rtracklayer,,,,r.utils,,,,COVR |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | tcgabiolinksgui,,,,tcgaworkflow |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | elmer_2.4.4.4.tar.gz |
Windows二进制 | elmer_2.4.4.4.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | elmer_2.4.4.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/elmer |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/Elmer |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/elmer/ |
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