DrugVsDisease

DOI:10.18129 / B9.bioc.DrugVsDisease

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见DrugVsDisease

利用基因集富集分析比较疾病和药物概况

Bioconductor版本:3.7

该软件包为疾病或药物谱生成差异基因表达的排名列表。输入数据可以从Array Express或GEO下载,也可以从本地CEL文件下载。使用Limma计算差分表达式和相关p值的排序列表。浓缩分数(Subramanian et al。PNAS 2005)被计算为默认药物或疾病概况的参考集,或用户提供的自定义数据集。重要分数的网络可视化以Cytoscape格式输出。

作者:C. Pacini

维护者:j. Saez-Rodriguez

引文(从R内,输入引用(“DrugVsDisease”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DrugVsDisease”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DrugVsDisease”)

PDF R脚本 DrugVsDisease
PDF 参考手册

细节

biocViews 聚类GeneExpression微阵列软件
版本 2.22.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(5.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 2.10),affylimmabiomaRtArrayExpressGEOqueryDrugVsDiseasedatacMap2dataqvalue
进口 注释hgu133a.dbhgu133a2.dbhgu133plus2.dbRUnitBiocGenericsxtable
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DrugVsDisease_2.22.0.tar.gz
Windows二进制 DrugVsDisease_2.22.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) DrugVsDisease_2.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DrugVsDisease
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DrugVsDisease
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DrugVsDisease/
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