DSS

DOI:10.18129 / B9.bioc.DSS

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见DSS。

测序数据的分散收缩

Bioconductor版本:3.7

DSS是一个R库，对基于计数的测序数据进行差异分析。它从RNA-seq中检测差异表达基因(DEGs)，从亚硫酸氢盐测序(BS-seq)中检测差异甲基化位点或区域(DML/DMRs)。DSS的核心是从Gamma-Poisson或beta二项分布中估计色散参数的一种新的色散收缩方法。

作者:郝武<好。吴:emory.edu >

维护者:好武<好。吴:emory.edu >

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DSS”)

文档

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browseVignettes (DSS)

PDF	R脚本	分散收缩的RNA-seq数据的差异表达
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,RNASeq,测序,软件
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(6年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 3.3),Biobase,bsseq、样条函数、方法
进口	统计数据、图形、DelayedArray
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	DMRcate
进口我	kissDE
建议我	适当的
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DSS_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	DSS_2.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DSS_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DSS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DSS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DSS/
包下载报告	下载数据