剂量
DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE
此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见剂量．
疾病本体语义与丰富分析
Bioconductor版本:3.7
该包实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang分别提出的五种方法，用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析，用于发现高通量生物学数据的疾病关联。
作者:余广创[aut, cre]，王立根[ctb]， Vladislav Petyuk [ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb]
维护人员:guangchuangyu
引文(从R内，输入引用(“剂量”))：
安装
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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DOSE”)
文档
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browseVignettes(“剂量”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 00剂量介绍 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 01 DOSE语义相似度分析 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 02疾病富集分析 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 03疾病GSEA |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，通路，软件，可视化 |
| 版本 | 3.6.1 |
| 在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(7年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.4.0) |
| 进口 | AnnotationDbi，BiocParallel，DO.db，fgsea，ggplot2，GOSemSim(>= 2.0.0)，qvalue，reshape2，S4Vectors，统计，效用 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，clusterProfiler，knitr，org.Hs.eg.db，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://guangchuangyu.github.io/software/DOSE |
| BugReports | https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | bioCancer，clusterProfiler，debrowser，eegc，enrichplot，facopy，GDCRNATools，林肯，MAGeCKFlute，网格，miRsponge，MoonlightR，PathwaySplice，ReactomePA |
| 建议我 | GOSemSim |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | DOSE_3.6.1.tar.gz |
| Windows二进制 | DOSE_3.6.1.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | DOSE_3.6.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DOSE |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
