DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DMRcate

甲基化数组和测序空间分析方法

Bioconductor版本:3.7

新创的识别和提取差异甲基化区域(dmr)使用全基因组亚硫酸氢盐测序人类基因组(WGBS)和Illumina公司英飞纳姆数组(450 k和史诗)数据。提供了过滤功能探针可能SNPs和cross-hybridisation抱愧蒙羞。包括农庄组织生成和绘制功能。

作者:Tim Peters

维护人员:Tim Peters < t。彼得斯在garvan.org.au >

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PDF R脚本 DMRcate包的用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,遗传学,GenomeAnnotation,MethylationArray,微阵列,MultipleComparison,OneChannel,质量控制,软件,TimeCourse,TwoChannel
版本 1.16.0
Bioconductor自 BioC 2.14 (r - 3.1)(4.5年)
许可证 文件许可
取决于 R (> = 3.3.0),minfi,DSS,DMRcatedata
进口 limma,missMethyl,GenomicRanges、平行、方法、图形plyr,Gviz,IRanges,统计,跑龙套,S4Vectors
链接
建议 knitr,RUnit,BiocGenerics,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19
SystemRequirements
增强了
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取决于我 冠军,methylationArrayAnalysis
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源包 DMRcate_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 DMRcate_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMRcate
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DMRcate/
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