DEsubs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEsubs

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见DEsubs

DEsubs:一个R包,用于使用RNA-seq表达实验灵活识别差异表达子通路

Bioconductor版本:3.7

DEsubs是一个基于网络的系统生物学包,提取RNA-seq实验记录的通路网络中的疾病扰动子通路。它包含一个广泛的和可定制的框架,涵盖子路径分析的所有阶段的广泛操作模式,支持具体案例的方法。操作模式包括通路网络的构建和处理,子通路的提取、可视化和丰富分析,以及各种生物学和药理特征。它的功能使其成为建模者和实验人员的工具指南,用于识别复杂疾病的更强大的系统级生物标志物。

作者:Aristidis G. Vrahatis和Panos Balomenos

维护者:Aristidis G. Vrahatis , Panos Balomenos < Balomenos at upatras.gr>

引文(从R内,输入引用(“DEsubs”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DEsubs”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DEsubs”)

PDF R脚本 DEsubs
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGraphAndNetworkKEGG网络NetworkEnrichment归一化通路RNASeq软件SystemsBiology
版本 1.6.3
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.3),locfit
进口 igraphRBGLcirclizelimma刨边机EBSeqNBPSeqDESeq,统计,grDevices,图形,pheatmap跑龙套,ggplot2矩阵jsonlite、工具、DESeq2、方法
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建议 RUnitBiocGenericsknitr
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DEsubs_1.6.3.tar.gz
Windows二进制 DEsubs_1.6.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) DEsubs_1.6.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEsubs
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEsubs
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DEsubs/
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