此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见DEsubs.
Bioconductor版本:3.7
DEsubs是一个基于网络的系统生物学包,提取RNA-seq实验记录的通路网络中的疾病扰动子通路。它包含一个广泛的和可定制的框架,涵盖子路径分析的所有阶段的广泛操作模式,支持具体案例的方法。操作模式包括通路网络的构建和处理,子通路的提取、可视化和丰富分析,以及各种生物学和药理特征。它的功能使其成为建模者和实验人员的工具指南,用于识别复杂疾病的更强大的系统级生物标志物。
作者:Aristidis G. Vrahatis和Panos Balomenos
维护者:Aristidis G. Vrahatis
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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DEsubs”)
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browseVignettes(“DEsubs”)
R脚本 | DEsubs | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkEnrichment,归一化,通路,RNASeq,软件,SystemsBiology |
版本 | 1.6.3 |
在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(2年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.3),locfit |
进口 | 图,igraph,RBGL,circlize,limma,刨边机,EBSeq,NBPSeq,DESeq,统计,grDevices,图形,pheatmap跑龙套,ggplot2,矩阵,jsonlite、工具、DESeq2、方法 |
链接 | |
建议 | RUnit,BiocGenerics,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | DEsubs_1.6.3.tar.gz |
Windows二进制 | DEsubs_1.6.3.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | DEsubs_1.6.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEsubs |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEsubs |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DEsubs/ |
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