DESeq2

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq2

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DESeq2。

差异基因表达分析基于负二项分布

Bioconductor版本:3.7

估计variance-mean依赖在计数高通量测序数据分析和测试基于模型的微分表达式使用负二项分布。

作者:迈克尔•爱西蒙•安德斯·沃尔夫冈•休伯

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“DESeq2”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DESeq2”)

HTML	R脚本	分析与DESeq2 RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,ChIPSeq,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,微生物组,归一化,PrincipalComponent,RNASeq,回归,测序,软件,转录
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(5.5年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase,BiocParallel,genefilter、方法、locfit,geneplotter,ggplot2,Hmisc,Rcpp(> = 0.11.0)它
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	testthat,knitr,rmarkdown,vsn,pheatmap,RColorBrewer,IHW,apeglm,ashr,tximport,tximportData,readr,pbapply,气道,pasilla(> = 0.2.10)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/DESeq2
取决于我	DChIPRep,DEXSeq,FourCSeq,rgsepd,rnaseqGene,移行细胞癌,XBSeq
进口我	anamiR,Anaquin,anota2seq,BloodCancerMultiOmics2017,coseq,DaMiRseq,debrowser,DEComplexDisease,反编排,DEGreport,DEsubs,DiffBind,eegc,EnrichmentBrowser,FourCSeq,GDCRNATools,GenoGAM,HTSFilter,理想的,IHWpaper,ImpulseDE2,感兴趣,isomiRs,JunctionSeq,kissDE,MLSeq,PathoStat,pcaExplorer,PowerExplorer,recountWorkflow,regionReport,ReportingTools,singleCellTK,SNPhood,srnadiff,systemPipeR,vidger
建议我	apeglm,biobroom,BiocGenerics,BioCor,篮球选手,compcodeR,derfinder,diffloop,计,GenomicAlignments,GenomicRanges,Glimma,gsean,IHW,JctSeqData,miRmine,OPWeight,phyloseq,后代,重新计票,RUVSeq,食物,Single.mTEC.Transcriptomes,subSeq,SummarizedBenchmark,TFEA.ChIP,tximport,variancePartition,zinbwave
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DESeq2_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	DESeq2_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DESeq2_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DESeq2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DESeq2/
包下载报告	下载数据