部
DOI:10.18129 / B9.bioc.DEP
此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见部。
蛋白质组学数据的差异富集分析
Bioconductor版本:3.7
该软件包提供了一个集成的分析工作流程，用于对差异蛋白表达或差异富集的质谱蛋白质组学数据进行稳健和可重复的分析。它需要表格式输入(例如txt文件)，这是由MaxQuant或IsobarQuant等原始质谱数据的定量分析软件生成的。提供了数据准备、过滤、方差归一化、缺失值推断、差异富集/表达蛋白统计检验等功能。它还包括检查工作流中中间步骤的工具，如规范化和缺失值的计算。最后，提供可视化工具来探索结果，包括热图、火山图和棒图表示。对于在R方面经验有限的科学家来说，该包还包含包含完整分析工作流和生成报告的包装器功能。更容易使用的是软件包提供的交互式闪亮应用程序。
作者:Arne Smits, Wolfgang Huber
维护者:Arne Smits < Smits。阿恩在gmail.com >
引文(从R中输入引用(“部”)):
安装
要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DEP”)
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“部”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 部:介绍 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 缺少值处理 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataRepresentation,DifferentialExpression,MassSpectrometry,蛋白质组学,软件 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.5) |
| 进口 | ggplot2,dplyr,purrr,readr,宠物猫,tidyr,SummarizedExperiment,MSnbase,limma,vsn,fdrtool,ggrepel,ComplexHeatmap,RColorBrewer,circlize,闪亮的,shinydashboard,DT,rmarkdown,为了,gridExtra、网格数据,imputeLCMD,集群 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,enrichR,knitr,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | RforProteomics |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | DEP_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | DEP_1.2.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | DEP_1.2.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEP |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/管理 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DEP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
