这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CoGAPS。
Bioconductor版本:3.7
协调基因活动模式集(CoGAPS)实现了贝叶斯密度矩阵分解算法,空白,然后将它链接到基因集统计方法推断生物过程的活动。它可以用来执行稀疏矩阵分解在任何数据,这些数据代表了生物分子,做基因分析。
作者:托马斯·谢尔曼Wai-shing李,康纳Kelton, Ondrej Maxian,雅各布·凯里吉纳维芙Stein-O ' brien迈克尔很远,玛吉Wodicka,约翰·斯坦斯菲尔德肖恩Sivy,亚历山大Favorov,迈克Ochs,伊卡洛•Colantuoni多数
维修工:伊j .多数< ejfertig jhmi.edu >、托马斯·d·谢尔曼< tomsherman159 gmail.com >
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R脚本 | 差距/ CoGAPS用户手册 | |
HTML | R脚本 | GWCoGAPS和PatternMarkers |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 贝叶斯,聚类,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,GeneSetEnrichment,微阵列,MultipleComparison,RNASeq,软件,TimeCourse,转录 |
版本 | 3.0.2 |
Bioconductor自 | BioC 2.7 (r - 2.12)(8年) |
许可证 | GPL (= = 2) |
取决于 | R (> = 3.4.0),Rcpp(> = 0.11.0)它 |
进口 | RColorBrewer(> = 1.0.5),gplots(> = 2.8.0)、图形grDevices,方法,集群,闪亮的,统计,跑龙套,doParallel,foreach,ggplot2,reshape2 |
链接 | Rcpp,黑洞 |
建议 | testthat,lintr,knitr,rmarkdown,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | CoGAPS_3.0.2.tar.gz |
Windows二进制 | CoGAPS_3.0.2.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | CoGAPS_3.0.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoGAPS |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CoGAPS |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CoGAPS/ |
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