ChIPexoQual

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPexoQual

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见ChIPexoQual

ChIPexoQual

Bioconductor版本:3.7

封装与ChIP-exo/nexus数据的质量控制管道。

作者:Rene Welch, Dongjun Chung, Sunduz Keles

维护者:Rene Welch < Welch at stat.wisc.edu>

引文(从R内,输入引用(“ChIPexoQual”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPexoQual”)

文档

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browseVignettes(“ChIPexoQual”)

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PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐ChIPSeq报道质量控制测序软件转录可视化
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(1.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 3.4.0),GenomicAlignments(> = 1.0.1)
进口 方法,跑龙套,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallelGenomicRanges(> = 1.14.4),ggplot2(> = 1.0),data.table(> = 1.9.6),Rsamtools(> = 1.16.1),IRanges(> = 1.6),S4Vectors(> = 0.8),biovizBase(> = 1.18),扫帚(> = 0.4),RColorBrewer(> = 1.1),dplyr(> = 0.5),尺度(> = 0.4.0),冬青(> = 0.3),hexbin(> = 1.27),rmarkdown
链接
建议 ChIPexoQualExample(> = 0.99.1),knitr(> = 1.10),BiocStylegridExtra(> = 2.2),testthat
SystemRequirements
增强了
URL https: github.com/keleslab/ChIPexoQual
BugReports https://github.com/welch16/ChIPexoQual/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包 ChIPexoQual_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 ChIPexoQual_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) ChIPexoQual_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPexoQual
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPexoQual
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPexoQual/
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