chipanalyser

doi:10.18129/b9.bioc.chipanalyser

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅chipanalyser

chipanalyser:预测转录因子结合位点

生物导体版本:3.7

基于统计热力学框架,Chipanalyser试图产生类似芯片的轮廓。该模型依赖于四个考虑:可以使用位置权重矩阵对TF结合位点进行评分,DNA可访问性在转录因子结合中起作用,结合曲线取决于与DNA结合的转录因子的数量和最终结合能(另一种方式)描述PWM的)或结合特异性应进行调制(因此引入结合特异性调制器)。Chipanalyser的最终结果是产生模拟真实芯片曲线的曲线,并在将其与真实芯片seq数据进行比较后提供这些预测概况的准确度测量。最终目标是产生像曲线的曲线,以预测chip-seq类似曲线,以规避产生昂贵的芯片seq实验的需求。

作者:Patrick C.N.Martin和Nicolae Radu Zabet

维护者:帕特里克C.N.Martin

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细节

生物浏览 结盟,,,,生物问题,,,,chipseq,,,,芯片奇普,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,峰值探测,,,,测序,,,,测序,,,,软件,,,,转录,,,,工作流程
版本 1.2.0
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.4.1),基因组机,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,rcpproll, 平行
进口 方法,iranges,,,,S4VECTORS,grdevices,图形,统计,utils,rtracklayer
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建议 bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3,,,,尼特,,,,运行,,,,生物基因
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源包 chipanalyser_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 chipanalyser_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) chipanalyser_1.2.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipanalyser
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/chipanalyser
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/chipanalyser/
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