ChIPQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPQC

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见ChIPQC。

ChIPseq数据的质量指标

Bioconductor版本:3.7

ChIPseq数据的质量指标。

作者:Tom Carroll, Wei Liu, Ines de Santiago, Rory Stark

维护者:Tom Carroll ， Rory Stark < Rory。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPQC”)

文档

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browseVignettes(“ChIPQC”)

PDF	R脚本	与ChIPQC一起评估ChIP-seq样品质量
PDF		ChIPQCSampleReport.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,质量控制,ReportWriting,测序,软件
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(4.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.0.0),ggplot2,DiffBind,GenomicRanges(> = 1.17.19)
进口	BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.17),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),chipseq(> = 1.12.0),gtools,BiocParallel、方法、reshape2,喷嘴。R1,Biobase、grDevices、stats、utils、GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPQC_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	ChIPQC_1.16.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChIPQC_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPQC/
包下载报告	下载数据