CRISPRseek

DOI:10.18129 / B9.bioc.CRISPRseek

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CRISPRseek。

设计有针对性的指导在CRISPR-Cas9 rna,基因编辑系统

Bioconductor版本:3.7

包包括输入目标函数来寻找潜在的指导rna序列,选择过滤器指导rna没有限制酶切位点,或没有配对指导rna,全基因组寻找问题症结,分数,排名,取侧翼序列和表示目标和非目标是否位于外显子区域。潜在指导rna与top5总分和注释topN不相干,详细topN不匹配网站,限制酶切位点,搭配指导rna。如果GeneRfold和安装情况(http://bioconductor.case.edu/bioconductor/2.8/bioc/html/GeneRfold.html, http://bioc.ism.ac.jp/packages/2.8/bioc/html/GeneR.html),然后二级结构的最小自由能和括号gRNA和gRNA骨干恒定区将被包括在概要文件。这个包利用Biostrings和BSgenome包。

作者:丽华朱莉·朱本杰明·r·霍姆斯Herve页,迈克尔•劳伦斯Isana Veksler-Lublinsky,维克多·安布罗斯·尼尔Aronin和迈克尔·布罗斯基

维护人员:丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

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PDF	R脚本	CRISPRseek装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,GeneRegulation,SequenceMatching,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0.1),BiocGenerics,Biostrings
进口	平行,data.table,seqinr,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,BSgenome,BiocParallel,哈希
链接
建议	RUnit,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	crisprseekplus
进口我	GUIDEseq
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CRISPRseek_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	CRISPRseek_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CRISPRseek_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CRISPRseek
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CRISPRseek
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CRISPRseek/
包下载报告	下载数据