此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本,请参见食典委。
Bioconductor版本:3.7
一种用于整个外显子组DNA测序数据的规范化和拷贝数变异调用程序。CODEX依赖于使用同一测序管道处理的多个样品的可得性进行标准化,不需要匹配的对照。CODEX中的标准化模型包括专门消除GC含量、外显子长度、靶向性和扩增效率以及潜在系统性伪影的术语。CODEX还包括一个基于泊松似然的递归分割程序,它显式地建模基于计数的外显子组测序数据。
作者:姜宇超,张瑞玲
维护人:蒋宇超
引文(从R中输入引用(“法典”)
):
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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“CODEX”)
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R脚本 | 使用食品 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CopyNumberVariation,ExomeSeq,归一化,质量控制,软件 |
版本 | 1.12.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (R-3.2)(3.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 3.2.3),Rsamtools,GenomeInfoDb,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,IRanges,Biostrings,S4Vectors |
进口 | |
链接 | |
建议 | WES.1KG.WUGSC |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | iCNV |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | CODEX_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | CODEX_1.12.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | CODEX_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CODEX |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/法典 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CODEX/ |
包下载报告 | 下载数据 |