CNVPanelizer

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVPanelizer

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见CNVPanelizer．

在靶向测序应用中可靠的CNV检测

Bioconductor版本:3.7

一种允许使用不匹配的正常组织样本的方法。我们的方法使用可用参考样本的非参数自举子抽样来估计来自靶向测序的读计数分布。受随机森林的启发，这与对每个目标基因相关的扩增子进行子采样的程序相结合。获得的信息使我们能够在基因水平上可靠地对拷贝数畸变进行分类。

作者:Cristiano Oliveira [aut]， Thomas Wolf [aut, cre]， Albrecht Stenzinger [ctb]， Volker Endris [ctb]， Nicole Pfarr [ctb]， Benedikt Brors [ths]， Wilko Weichert [ths]

维护:Thomas Wolf

安装

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PDF	R脚本	CNVPanelizer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，CopyNumberVariation，报道，归一化，测序，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.2.0)，GenomicRanges
进口	S4Vectors， grDevices, stats, utils，NOISeq，IRanges，Rsamtools，exomeCopy，foreach，ggplot2，plyr，GenomeInfoDb，gplots，reshape2，stringr，testthat、图形、方法、闪亮的，shinyFiles，shinyjs、网格openxlsx
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
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包档案

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源包	CNVPanelizer_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	CNVPanelizer_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CNVPanelizer_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVPanelizer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVPanelizer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVPanelizer/
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