CageFightr.

DOI：10.18129 / b9.bioc.cagefightr.

此套餐适用于Biocumonds 3.7版;对于稳定的最新版本版本，请参阅CageFightr.。

基因表达（笼子）使用Biocominuction分析分析

生物导体版本：3.7

笼是一种广泛使用的高通量测定，用于测量转录开始点（TSS）活动。CageFightr是用于执行各种公共笼数据分析任务的R / Biocuconductor封装。核心功能包括：导入笼TSSS（CTSS），用于TSS识别的标签（或单向）聚类，用于增强剂鉴定的双向聚类，用转录器和基因模型的注释，TSS形状的计算和笼表达的量化作为表达矩阵。

作者：Malte Thodberg

维护者：Malte Thodberg

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细节

Biocviews.	注解那覆盖范围那DataImport.那datarepresentation那基因表达那Generegulation.那GenomeBrowsers.那正常化那PeakDetection.那预处理那测序那软件那转录那转录组学那可视化
版本	1.0.0.
执照	GPL-3 +文件许可证
依靠	r（> = 3.5），Genomicranges.（> = 1.30.1），rtracklayer.（> = 1.38.2），概括分析（> = 1.8.1）
进口	椒盐粉（> = 0.1.3），assertthat.（> = 0.2.0），方法，矩阵（> = 1.2-12），Matrix.utils.（> = 0.9.6），克鲁尔那生物根系（> = 0.24.0），S4Vectors.（> = 0.16.0），绞喉（> = 2.12.0），Genomeinfodb.（> = 1.14.0），基因组法（> = 1.29.11），生物相投（> = 1.12.0），基因组夫妇（> = 1.14.0），GVIZ.（> = 1.22.2）
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那org.mm.eg.db.那txdb.mmusculus.ucsc.mm9.knowngene.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/maltethodberg/cagefightr.
Bugreports.	https://github.com/maltethodberg/cagefightr/issues.
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源包	cagefightr_1.0.0.tar.gz.
Windows二进制文件	cagefightr_1.0.0.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	cagefightr_1.0.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/cagefightr.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/笼式菲格特
包短网址	http://biocidodder.org/packages/cagefightr/
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