BasicSTARRseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BasicSTARRseq

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见BasicSTARRseq。

STARR-seq数据的基本峰值调用

Bioconductor版本:3.7

基于Arnold等人在“由STARR-seq识别的全基因组定量增强子活性图”中介绍的方法对STARR-seq数据进行基本峰值调用。科学通报。2013年3月1日;339(6123):1074-7。doi: 10.1126 /科学。1232542.Epub 2013 1月17日。

作者:安妮卡·伯格

维护者:Annika Buerger < Annika。Buerger at ukmuenster.de>

安装

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文档

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PDF	R脚本	BasicSTARRseq.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，GeneRegulation，PeakDetection，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	GenomicRanges，GenomicAlignments
进口	S4Vectors、方法、IRanges，GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	BasicSTARRseq_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	BasicSTARRseq_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BasicSTARRseq_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BasicSTARRseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BasicSTARRseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BasicSTARRseq/
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