ArrayExpressHTS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ArrayExpressHTS

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见ArrayExpressHTS。

ArrayExpress高通量测序处理流水线

Bioconductor版本:3.7

用于公共ArrayExpress实验或本地数据集的RNA-Seq处理管道

作者:Angela Goncalves, Andrew Tikhonov

维护者:Angela Goncalves

安装

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##如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("ArrayExpressHTS")

文档

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browseVignettes(“ArrayExpressHTS”)

PDF	R脚本	ArrayExpressHTS: RNA-Seq流水线用于转录谱分析实验
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	RNASeq,测序,软件
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (R-2.13)(7.5年)
许可证	艺术授权2.0
取决于	抽样,Rsamtools(> = 1.19.36),雪
进口	Biobase,BiocGenerics,Biostrings,DESeq,GenomicRanges,Hmisc,IRanges(> = 2.13.11),R2HTML,RColorBrewer,Rsamtools,ShortRead,XML,biomaRt,刨边机、grDevices、graphics、methods、rJava统计数据,svMisc跑龙套,sendmailR,bitops
链接	Rsamtools
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ArrayExpressHTS_1.30.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ArrayExpressHTS_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ArrayExpressHTS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ArrayExpressHTS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ArrayExpressHTS/
包下载报告	下载数据