此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见ATACseqQC.
Bioconductor版本:3.7
ATAC-seq是一种利用测序技术检测转座子可达性染色质的方法,是一种快速、灵敏的染色质可达性分析方法。它是作为MNase-seq, FAIRE-seq和DNAse-seq的替代方法开发的。与其他方法相比,ATAC-seq需要较少的生物样本和处理时间。在分析我们实验室生产的几个ATAC-seq数据集的过程中,我们了解到ATAC-seq数据质量评估的一些独特方面。为了帮助用户快速评估他们的ATAC-seq实验是否成功,我们部分遵循Nature Method 2013 (Greenleaf et al.)发表的指南开发了ATACseqQC包,包括片段大小分布、线粒体reads比例、核小体定位模式和CTCF或其他转录因子足迹的诊断图。
作者:欧建宏,刘海波,于军,Michelle Kelliher, Lucio Castilla, Nathan Lawson,朱丽华Julie
维护者:欧建宏<建宏。你在duke.com>
引文(从R内,输入引用(“ATACseqQC”)
):
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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ATACseqQC”)
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browseVignettes(“ATACseqQC”)
超文本标记语言 | R脚本 | ATACseqQC装饰图案 |
参考手册 |
biocViews | ATACSeq,报道,DNASeq,GeneRegulation,NucleosomePositioning,质量控制,测序,软件 |
版本 | 3 |
在Bioconductor | BioC 3.5 (R-3.4)(1.5年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | R (>= 3.4),BiocGenerics,S4Vectors |
进口 | BSgenome,Biostrings,ChIPpeakAnno,IRanges,GenomicRanges,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,GenomicScores,图形,网格,limma,Rsamtools(> = 1.31.2),randomForest,rtracklayer统计数据,motifStack,preseqR跑龙套,KernSmooth |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,phastCons100way.UCSC.hg19,MotifDb,trackViewer,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | NADfinder |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | ATACseqQC_1.4.3.tar.gz |
Windows二进制 | ATACseqQC_1.4.3.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | ATACseqQC_1.4.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ATACseqQC |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ATACseqQC |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ATACseqQC/ |
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