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aldex2.
DOI：10.18129 / b9.bioc.aldex2.
此套餐适用于Biocumonds 3.7版;对于稳定的最新版本版本，请参阅aldex2.。
考虑样本变化的差分丰度分析
生物导体版本：3.7
用于比较两个或更多条件的差异丰度分析。可用于分析来自标准RNA-SEQ或Meta-RNA-SEQ测定的数据以及来自体外序列选择的选择和未选择的值。使用Dirichlet-Multimalial模型从计数推断丰富，针对三种或更多的实验重复进行了优化。该方法是生物和采样变化，以鉴于变化，基于Wilcox等级试验或Welch T检验（通过Aldex.ttest）或GLM和Kruskal-Wallis测试（通过Aldex.Glm）。报告P值和Benjamini-Hochberg纠正的p值。
作者：Greg Gloor，Ruth Grace Wong，Andrew Fernandes，Arianne Albert，Matt Links，Thomas Quinn，Jia Rong Wu
维护者：Greg Gloor
引文（从R内，输入引文（“aldex2”））：
安装
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文件
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| PDF. | r script. | 用于确定高吞吐量测序实验中差分丰度的R包 |
| PDF. | 参考手册 | |
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| Biocviews. | 贝叶斯那chipseq.那dnaseq.那不同的亚兴那基因表达那Metagenomics.那微生物组那rnaseq.那测序那软件 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在生物导体中以来 | BIOC 3.0（R-3.1）（4年） |
| 执照 | 文件许可证 |
| 依靠 | 方法，统计数据 |
| 进口 | 生物相投那Genomicranges.那绞喉那S4Vectors.那概括分析那Multtest. |
| 链接到 | |
| 建议 | testthat. |
| 系统要求 | |
| 加强 | |
| URL. | https://github.com/gnloor/aldex2. |
| Bugreports. | https://github.com/gnloor/aldex2/issues. |
| 取决于我 | |
| 进口我 | omicplotr. |
| 建议我 | |
| 链接给我 | |
| 建立报告 |
包档案包
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
| 源包 | aldex2_1.12.0.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | aldex2_1.12.0.zip. |
| Mac OS x 10.11（El Capitan） | aldex2_1.12.0.tgz. |
| 源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/aldex2. |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.biocondion.org：包/ aldex2 |
| 包短网址 | http://biocidodder.org/packages/aldex2/ |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
