### R代码从vignette源的ppiData。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:loadlib ################################################### 库(ppiData)图书馆(ppiStats)图书馆(org.Sc.sgd.db ) ################################################### ### 代码块2号:collectData ################################################### dataList < - collectIntactPPIData (c(“ebi - 531419”,“ebi - 698096”,“ebi - 762635”))的名字(dataList) dataList[[“shortLabel”]]# # NB - intactPPIData = collectIntactPPIData()使用缺省参数 ################################################### ### 代码块3号:exBaitsSys ################################################### dataList[[“baitsSystematic”]][1:5 ] ################################################### ### 代码块数量4:indexSet ################################################### dataList[[“indexSetAll”]][1 ] ################################################### ### 代码块5号:createBPList ################################################### bpList < - createBPList (dataList[[“indexSetAll”]],dataList[[“baitsSystematic”]],dataList[[“preysSystematic”]])名称(bpList) bpList[1] # #注:y2h = createBPList (intactPPIData[[“indexSetAll”]],intactPPIData[[“baitsSystematic”]],intactPPIData[[“preysSystematic”]])# #注:y2hSysGW = Fixme ################################################### ### 代码块6号:createMats ################################################### bpMats < -拉普(bpList函数(x) {bpMatrix (x, symMat = FALSE,为= FALSE, baitAsPrey = FALSE,未加权的= TRUE, onlyRecip = FALSE, baitsOnly = FALSE)}) bpMats [1 ] ################################################### ### 代码块7号:ppiData。Rnw:207-219 ################################################### bpMats1 <- lapply(bpList, function(x){bpMatrix(x, symMat =TRUE, homodimer =FALSE, baitAsPrey =FALSE, unWeighted =TRUE, onlyRecip =FALSE, baitsOnly =FALSE)}) bpMats1[1] bpGraphs <- lapply(bpMats1, function(x){genBPGraph(x, directed=TRUE, bp=FALSE)}) bpGraphs[1] ##注意:每个图数据文件都类似地使用上面的相同函数##生成。要查看我们如何生成每个图对象，请查看inst/Script/genGraphs中的##。R目录下用于生成##graphNELs的脚本