RforProteomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.RforProteomics

“使用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据分析”出版物的配套包

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包包含代码来说明“使用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据分析”论文。两个小插图描述了再现论文中描述的示例和图形以及蛋白质组学可视化功能所需的代码和数据。

作者:Laurent Gatto [aut, cre]， Thomas Lin Pedersen [ctb]， Sebastian Gibb [ctb]， Vlad Petyuk [ctb]

维护者:Laurent Gatto

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RforProteomics”)

文档

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browseVignettes(“RforProteomics”)

PDF	R脚本	用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据分析的现状展望
PDF	R脚本	RforProteomics Bioc2013海报
PDF	R脚本	用R进行蛋白质组学数据分析
超文本标记语言		使用R和Bioconductor可视化蛋白质组学数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，MassSpectrometryData，ReproducibleResearch
版本	1.15.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	MSnbase
进口	R.utils，Biobase，rpx，biocViews，BiocInstaller，interactiveDisplay，闪亮的
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，mzR，xcms，msdata，等压线，MALDIquant(> = 1.12),MALDIquantForeign，readBrukerFlexData，rTANDEM，synapter，synapterdata，IPPD，Rdisop，OrgMassSpecR，大脑，的方式，hpar，GO.db，org.Hs.eg.db，biomaRt，RColorBrewer，ggplot2，reshape2，xtable，晶格，mzID，pRoloc，pRolocdata，MSGFplus，MSGFgui，MSnID，msmsTests，msmsEDA，corrplot，Heatplus，gplots，维恩图，genefilter
SystemRequirements
增强了	切肉刀
URL	http://lgatto.github.com/RforProteomics/
全靠我
进口我
建议我	MSstatsQC，proteoQC，qcmetrics
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RforProteomics_1.15.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RforProteomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RforProteomics/
软件包下载报告	下载数据