这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。
Bioconductor版本:版本(3.6)
SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造141。源数据文件用于这个包是由NCBI 5月1日,2014年,包含snp GRCh38映射到参考基因组。注意,这些单核苷酸多态性可以在BSgenome.Hsapiens.NCBI“注入”。GRCh38或BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38。重要提示:这个包是弃用。请使用SNPlocs数据包根据最近dbSNP构建相反(例如建立144或149)。你可以叫BSgenome: available.SNPs()从R可用SNPlocs数据包的列表。
作者:Herve页面
维修工:h .页< hpages fhcrc.org >
从内部引用(R,回车引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38”)
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens,SNPlocs |
版本 | 0.99.11 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 2.10),S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome(> = 1.33.9) |
进口 | 方法,跑龙套,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38(> = 1.3.19) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | GenomicFeatures,genotypeeval,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38_0.99.11.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38/ |
包下载报告 | 下载数据 |