### R代码从vignette源的prot2D。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:prot2D。Rnw: 67 - 68 ################################################### 库(prot2D ) ################################################### ### 代码块2号:prot2D。Rnw: 71 - 73 ################################################### 数据(梳状突起)数据(pecten.fac ) ################################################### ### 代码块3号:prot2D。Rnw: 90 - 91 ################################################### RIplot(梳状突起,n1 = 6, n2 = 6 ) ################################################### ### 代码块数量4:prot2D。Rnw: 97 - 98 ################################################### 梳状突起。norm <- norm。qt(梳状突起,n1 = 6, n2 = 6,情节= TRUE ) ################################################### ### 代码块5号:prot2D。Rnw: 106 - 107 ################################################### ################################################### ### 代码块6号:prot2D。Rnw: 112 - 113 ################################################### ES。p <- ES.prot(果胶。规范,n1 = 6, n2 = 6, f = pecten.fac ) ################################################### ### 代码块7号:prot2D。Rnw: 137 - 139 ################################################### ES。diff <- modT.Prot(ES。p, plot=TRUE, fdr.thr=0.1，方法。罗斯福= "黑洞 " ) ################################################### ### 代码块8号:prot2D。Rnw: 142 - 143 ################################################### featureNames (ES.diff ) ################################################### ### 代码块9号:prot2D。Rnw: 146 - 147 ################################################### 头(fData (ES.diff )) ################################################### ### 代码块10号:prot2D。Rnw: 150 - 151 ################################################### 头(exprs (ES.diff )) ################################################### ### 代码块11号:prot2D。Rnw: 166 - 168 ################################################### Sim卡。data <- Sim.Prot. data。2D(data=pecten, nsp=700, nr=10, p0=0.1, s2_0=0.2, d0=3) ################################################### ### code chunk number 12: prot2D.Rnw:171-173 ################################################### res.stud <- ttest.Prot(Sim.data, fdr.thr=0.1, plot=FALSE) res.mo <- modT.Prot(Sim.data, fdr.thr=0.1, plot=FALSE) ################################################### ### code chunk number 13: prot2D.Rnw:176-177 ################################################### featureNames(res.stud) ################################################### ### code chunk number 14: prot2D.Rnw:180-181 ################################################### featureNames(res.mo) ################################################### ### code chunk number 15: prot2D.Rnw:184-185 ################################################### notes(Sim.data)$SpotSig ################################################### ### code chunk number 16: prot2D.Rnw:190-191 ################################################### sessionInfo()