### R代码从vignette源的prebs。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:prebs。Rnw: 38-40 (eval = FALSE ) ################################################### ## 源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)# # biocLite(“prebs ") ################################################### ### 代码块2号:prebs。Rnw: 45-47 (eval = FALSE ) ################################################### ## 源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)# # biocLite(“prebsdata ") ################################################### ### 代码块3号:prebs。Rnw: 57-59 ################################################### 库(prebs)库(prebsdata ) ################################################### ### 代码块数量4:prebs。Rnw: 66 - 77 ################################################### bam_file1 < -执行(文件。Path ("sample_bam_files"， "input1.bam")， package="prebsdata") bam_file2 <- system.file(file. file)Path ("sample_bam_files"， "input2.bam")， package="prebsdata") bam_files <- c(bam_file1, bam_file2) custom_cdf_mapping1 <- system.file(file. file)custom_cdf_mapping2 <- system.file(file. path， "HGU133Plus2_Hs_ENSG_mapping.txt")， package="prebsdata")path("custom-cdf"， "HGU133A2_Hs_ENSG_mapping.txt")， package="prebsdata") manufacturer_cdf_mapping <- system.file(文件。路径(“manufacturer-cdf”、“HGU133Plus2_mapping.txt”),包= " prebsdata ") ################################################### ### 代码块5号:prebs。Rnw: 122 - 123 (eval = FALSE ) ################################################### ## write.table (exprs (prebs_values),文件=“prebs_values.txt”,引用= FALSE ) ################################################### ### 代码块6号:prebs。Rnw: 185 - 190 (eval = FALSE ) ################################################### ## 图书馆(“平行”)# # N_CORES = 2 # #集群< - makeCluster (N_CORES) # # prebs_values < - calc_prebs (bam_files custom_cdf_mapping1,集群=集群)# # stopCluster(集群 ) ################################################### ### 代码块7号:prebs。Rnw: 196 - 197 (eval = FALSE ) ################################################### ## prebs_values < - calc_prebs (bam_files custom_cdf_mapping2 ) ################################################### ### 代码块8号:prebs。Rnw: 206 - 208 ################################################### prebs_values < - calc_prebs (bam_files manufacturer_cdf_mapping)头(exprs (prebs_values )) ################################################### ### 代码块9号:prebs。Rnw:217-219 (eval = FALSE) ################################################### ## prebs_values <- calc_prebs(bam_files, manufacturer_cdf_mapping, ## cdf_name="hgu133plus2cdf") ################################################### ### code chunk number 10: prebs.Rnw:271-273 (eval = FALSE) ################################################### ## source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") ## biocLite("hgu133plus2cdf") ################################################### ### code chunk number 11: prebs.Rnw:281-283 (eval = FALSE) ################################################### ## source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") ## biocLite("hgu133plus2probe") ################################################### ### code chunk number 12: prebs.Rnw:286-289 ################################################### library("hgu133plus2probe") probes <- as.data.frame(hgu133plus2probe) head(probes) ################################################### ### code chunk number 13: prebs.Rnw:294-298 (eval = FALSE) ################################################### ## library("affy") ## probes <- probes[substr(probes$Probe.Set.Name,1,4) != "AFFX",] ## probes$Probe.ID <- xy2indices(probes$x, probes$y, cdf="hgu133plus2cdf") ## write.table(probes, file="probes.txt", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE) ################################################### ### code chunk number 14: prebs.Rnw:316-334 (eval = FALSE) ################################################### ## probe_mappings <- read.table("output_probe_mappings.map") ## ## colnames(probe_mappings) <- c("Probe.ID", "strand", ## "chr", "start", "seq", "match", "multiple") ## ## # bowtie reports 0-offset, but _mapping.txt files are 1-offset ## probe_mappings$start <- probe_mappings$start + 1 ## ## probes <- read.table("probes.txt", head=TRUE) ## ## probes <- merge(probes, probe_mappings) ## ## output_table <- data.frame(Probe.Set.Name=probes$Probe.Set.Name, ## Chr=probes$chr, Chr.Strand=probes$strand, Chr.From=probes$start, ## Probe.X=probes$x, Probe.Y=probes$y, Affy.Probe.Set.Name=probes$Probe.Set.Name) ## ## write.table(output_table, file="HGU133Plus2_mapping.txt", ## quote=FALSE, sep="\t", row.names=FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: sessionInfo ################################################### sessionInfo()