### r代码来自Vignette Source'facopy.rnw'########################################################### ###代码块编号1：Facopy.rnw：59-61（eval = false）############################################################Bioclite.r“）## Bioclite（“ Facopy”）########################################################## ###代码块编号2：Facopy.rnw：66-67 ######################################################################################################################＃getfacopyinfo（）###################################################### ###代码块编号4：facopy.rnw：86-89 ##########################################################gap“，pfbfilename =”〜/mypfb.pfb“）＃myCalls = readcndata（“〜/myfolder/”，“ cnanorm”，window = 50000）##################################################################数字5：facopy.rnw：94-95 ########################################################## data（mycalls）############################ ### code chunk number 6: facopy.Rnw:100-105 ################################################### data(myVariables) class(myVariables) head(myVariables) myStudy = addVariables(myCalls, myVariables, c("continuous","categorical")) ################################################### ### code chunk number 7: facopy.Rnw:110-113 ################################################### myStudy = addFeatures(myStudy, "oncogene", "hg18") summary(myStudy) ################################################### ### code chunk number 8: facopy.Rnw:142-146 ################################################### par(mfrow=c(1,2)) pca1 = plotPCA(myStudy, "any", "age") pca2 = plotPCA(myStudy, "any", "stage") head(pca2$eig, 2) ################################################### ### code chunk number 9: facopy.Rnw:163-168 ################################################### variableSummary(myStudy) head(alterationSummary(myStudy)) variableCor(myStudy) ################################################### ### code chunk number 10: facopy.Rnw:173-175 ################################################### myCallsPreview = preview(myStudy) sapply(myCallsPreview, head, 1) ################################################### ### code chunk number 11: facopy.Rnw:182-186 ################################################### myArms = c("8q","13q","20q","8p","18q") myColors = c(rainbow(15)[1:3], rainbow(15)[10:11]) plotBar(myStudy, TRUE, myArms, myColors, ylim=c(-0.4,1)) ################################################### ### code chunk number 12: facopy.Rnw:193-194 ################################################### plotHist(myStudy, "amp", "stage", myArms, myColors, bin=0.1, ymax=80) ################################################### ### code chunk number 13: facopy.Rnw:200-201 ################################################### plotZoom(myStudy, "arm", "8p", "del", "stage") ################################################### ### code chunk number 14: facopy.Rnw:206-207 ################################################### plotZoom(myStudy, "feat", "PCM1", "del", "stage") ################################################### ### code chunk number 15: facopy.Rnw:234-241 ################################################### genes = facopy(myStudy, "del", "stage") #1 head(genes[order(genes$p_value),]) genes = facopy(myStudy, "amp", "stage*age", modelPart="predictor") #2 head(genes[order(genes$p_value),]) genes = facopy(myStudy, "amp", "stage", plot=TRUE, db="gsk_colon") #3 ################################################### ### code chunk number 16: facopy.Rnw:250-252 ################################################### # eCor = calculateCor(myStudy, "~/myExprData.txt") # eCor = calculateCor(myStudy, "mrna_merged_median_Zscores", "coadread_tcga_pub") ################################################### ### code chunk number 17: facopy.Rnw:257-258 ################################################### # facopyEnrichment(myStudy, genes, eCor, "~/myFolder/stageAmpEnrichment") ################################################### ### code chunk number 18: facopy.Rnw:288-289 ################################################### sessionInfo()