### R代码来自小插图来源的TSSi。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:TSSi。Rnw: 21 - 22 ################################################### 如果存在(“.orig.enc”)选项(编码= .orig.enc ) ################################################### ### 代码块2号:设置 ################################################### set.seed(1)选项(宽度= 65,SweaveHooks =列表(图= function()标准(mar = c (5.1, 5.1, 4.1, 1.5 )))) ################################################### ### 代码块3号:load_package ################################################### 库(TSSi ) ################################################### ### 代码块数量4:load_data ################################################### 数据(physcoCounts)头(physcoCounts)表(physcoCounts染色体美元,美元physcoCounts链 ) ################################################### ### 代码块5号:segmentize ################################################### 附加(physcoCounts) x < - segmentizeCounts(数量=,=开始开始,=染色体,从而向区域=区域,链=链)分离(physcoCounts) x ################################################### ### 代码块6号:get_segments ################################################### 段(x (x)名称 ) ################################################### ### 代码块7号:get_reads ################################################### 头(读(x, 3))头(启动(x, 3))(开始(x,名称(x) [3 ])) ################################################### ### 代码块8号:normalize_ratio ################################################### yRatio < - normalizeCounts (x ) ################################################### ### 代码块9号:normalize_fit ################################################### yFit < - normalizeCounts (x,适合= TRUE) yFit头(读取(yFit 3 )) ################################################### ### 代码块10号:plot_normalize_fit ################################################### getOption(“SweaveHooks”)[[“无花果”]]()图(yFit 3 ) ################################################### ### 代码块11号:识别 ################################################### z z < - identifyStartSites (yFit)头(段(z))头(tss (z, 3))头(读取(z, 3 )) ################################################### ### 代码块12号:plot_identify ################################################### getOption(“SweaveHooks”)[[“无花果”]]()图(z, 3 ) ################################################### ### 代码块13号:plot_custom ################################################### getOption(“SweaveHooks”)[[“无花果”]]()图(z, 4,比率= FALSE,阈值= FALSE,基线= FALSE,期望= TRUE, expectArgs =列表(type = " l "),延长= TRUE, countsArgs =列表(type = " h ",坳=“darkgray pch = NA), plotArgs =列表(xlab =“基因组的位置”,主要= " TSS段的s1_ -_155 '")) ################################################### ### 代码块14号:convert_iranges ################################################### readsRd < - readsAsRangedData (z) segmentsRd < - segmentsAsRangedData (z) tssRd < - tssAsRangedData (z ) ################################################### ### 代码块数量15:export_rtracklayer ################################################### # 库(rtracklayer) #临时文件< - tempfile() #出口。gff3(readsRd, paste(tmpFile， "gff"， sep=".")) #导出。bed(segmentsRd, paste(tmpFile, "bed", sep=".")) #export.bed(tssRd, paste(tmpFile, "bed", sep=".")) ################################################### ### code chunk number 16: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)