来自vignette源的MassSpecWavelet的代码。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:MassSpecWavelet。第45 - 46 Rnw: ################################################### 库(MassSpecWavelet ) ################################################### ### 代码块2号:MassSpecWavelet。Rnw: 50-51 ################################################### 数据(exampleMS ) ################################################### ### 代码块3号:MassSpecWavelet。Rnw: 55-57 ################################################### 尺度< - seq (64 2) wCoefs < - cwt (exampleMS尺度=尺度,小波= " mexh ") ################################################### ### 代码块数量4:MassSpecWavelet。Rnw:63-70 ################################################### ##将二维CWT系数绘制为图像(可能需要一段时间!)xTickInterval <- 1000 plotRange <- c(5000,11000)图像(plotRange[1]:plotRange[2]， scales, wCoefs[plotRange[1]:plotRange[2]，]， col=terrain.colors(256)， axes=FALSE, xlab='m/z index'， ylab='CWT系数scale'， main='CWT系数')轴(1,at=seq(plotRange[1]， plotRange[2]， by=xTickInterval))轴(2,at=c(1, seq(10,64，= 10))) () ################################################### ### 代码块5号:MassSpecWavelet。Rnw: 81 - 86 ################################################### ## 附上原始光谱作为第一列wCoefs < - cbind (as.vector (exampleMS) wCoefs) colnames (wCoefs) < - c(0,尺度)localMax < - getLocalMaximumCWT (wCoefs ) ################################################### ### 代码块6号:MassSpecWavelet。Rnw: 91 - 92 ################################################### plotLocalMax (= plotRange localMax、wCoefs范围 ) ################################################### ### 代码块7号:MassSpecWavelet。Rnw: 100 - 101 ################################################### ridgeList < - getRidge (localMax ) ################################################### ### 代码块8号:MassSpecWavelet。Rnw: 105 - 106 ################################################### plotRidgeList (= plotRange ridgeList、wCoefs范围 ) ################################################### ### 代码块9号:MassSpecWavelet。Rnw: 114 - 119 ################################################### 信噪比。Th <- 3 nearbyPeak <- TRUE majorPeakInfo <- identifyMajorPeaks(exampleMS, ridgeList, wCoefs, SNR。Th =信噪比。Th, nearbyPeak = nearbyPeak) # #情节所确定的山峰peakIndex < - majorPeakInfo peakIndex美元 ################################################### ### 代码块10号:MassSpecWavelet。Rnw:125-126 ################################################### plotPeak(exampleMS, peakIndex, range=plotRange, main=paste('Identified peaks with SNR >', SNR.Th)) ################################################### ### code chunk number 11: MassSpecWavelet.Rnw:134-141 ################################################### data(exampleMS) SNR.Th <- 3 nearbyPeak <- TRUE peakInfo <- peakDetectionCWT(exampleMS, SNR.Th=SNR.Th, nearbyPeak=nearbyPeak) majorPeakInfo = peakInfo$majorPeakInfo peakIndex <- majorPeakInfo$peakIndex plotRange <- c(5000, length(exampleMS)) ################################################### ### code chunk number 12: MassSpecWavelet.Rnw:145-146 ################################################### plotPeak(exampleMS, peakIndex, range=plotRange, log='x', main=paste('Identified peaks with SNR >', SNR.Th)) ################################################### ### code chunk number 13: MassSpecWavelet.Rnw:153-155 ################################################### peakSNR <- majorPeakInfo$peakSNR allPeakIndex <- majorPeakInfo$allPeakIndex ################################################### ### code chunk number 14: MassSpecWavelet.Rnw:160-165 ################################################### plotRange <- c(5000, 36000) selInd <- which(allPeakIndex >= plotRange[1] & allPeakIndex < plotRange[2]) plot(allPeakIndex[selInd], peakSNR[selInd], type='h', xlab='m/z Index', ylab='Signal to Noise Ratio (SNR)', log='x') points(peakIndex, peakSNR[names(peakIndex)], type='h', col='red') title('Signal to Noise Ratio (SNR) of the peaks (CWT method)') ################################################### ### code chunk number 15: MassSpecWavelet.Rnw:176-177 ################################################### betterPeakInfo <- tuneInPeakInfo(exampleMS, majorPeakInfo) ################################################### ### code chunk number 16: MassSpecWavelet.Rnw:181-184 ################################################### plotRange <- c(5000, 11000) plot(plotRange[1]:plotRange[2], exampleMS[plotRange[1]:plotRange[2]], type='l', log='x', xlab='m/z Index', ylab='Intensity') abline(v=betterPeakInfo$peakCenterIndex, col='red')